Diplomová práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Multiple structure alignment and exploring protein binding sites

Multiple Structure Alignment and Exploring Protein Binding Sites

Bc. David Sehnal, učo 140435
Anotace

Tato diplomová práce se zabývá přikládánim molekulárních struktur, převážně vazebných míst proteinů. Jsou prezentovány tři algoritmy: první pro přikládání páru tří-rozměrných struktur, druhý pro hledání párování atomů v proteinech a konečně třetí, umožňující přiložení libovolného množství struktur najednou. Poslední ze zmiňovaných algoritmů také umožňuje výpočet modelu zkoumaného vazebného místa. Součástí …více

Abstract

This master’s thesis is focused on superimposing molecular structures, particularly protein binding sites. Three algorithms are presented: the first for superimposing a pair of threedimensional structures, the second for finding a pairing of atoms in protein structures, and, finally, the third for superimposing multiple structures at once. Furthermore, models of particular binding sites can be computed …více

Klíčová slova
quaternion rotation matrix RMSD multiple superimposition alignment protein binding site SiteBinder
Zadání práce
Důležitými stavebními a funkčními látkami v buňkách živých organismů jsou bílkoviny (proteiny). Některé proteiny obsahují atomy kovů (tyto proteiny se nazývají metaloproteiny), a právě vazebná místa kovů jsou klíčová z hlediska chemických reakcí. Porovnání struktury různých vazebných míst jistého kovu může přinést velmi důležité informace o tomto vazebném místě. Vhodným přiložením vazebných míst (tak, aby rozdíly mezi přikládanými vazebnými místy byly co nejmenší) je možno rovněž vytvořit model vazebného místa. Náplní diplomové práce je:
  • Nastudovat oblast přikládání 3D struktur a speciálně pak její aplikaci v oboru biochemie a studia vazebných míst kovů. Zaměřit se na přikládání dvojice molekul i většího počtu molekul.
  • Nastudovat formát pro zápis struktury proteinů (PDB formát).
  • Navrhnout a popsat vztahy a algoritmy pro vhodné spárování atomů, přikládání molekul, výpočet RMSD (součet čtverců nejmenších vzdáleností atomů) atd..
  • Implementovat software, který bude načítat a zobrazovat vazebná místa a další strukturní motivy. Dále software umožní výběr některých ze zobrazených strukturních motivů, jejich přiložení, výpočet RMSD a výpočet průměrné struktury.
  • Otestovat software na konkrétních vazebných místech kovů, získaných z databáze Protein Data Bank.
    • Administrativní informace
    Práce zkontrolována:
    7. 1. 2010 09:12, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
    Plný text práce
    2,9 MB / soubor PDF
    Jazyk práce
    angličtina angličtina
    Termín obhajoby
    8. 2. 2010
    Práce byla úspěšně obhájena

    Vedoucí

    prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
    NCBR PřF MU

    Oponent

    prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904
    CERIT-SC ÚVT MU
    Citovat tuto práci
    Masarykova univerzita Fakulta informatiky
    Studijní program
    Informatika
    Obor

    Práce na příbuzné téma

    Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

    Podobné práce
     
    Název
    Vložil
    Vloženo
    Práva
    Archiv závěrečné práce David Sehnal FI N-IN TEI, učo 140435 u0qtg/7
    Sehnal, D.
    1. 1. 2010
    Složky
    Soubory
    Anotace anglicky annotation_english.txt
    Sehnal, D.
    1. 1. 2010
    Anotace česky annotation.txt
    Sehnal, D.
    1. 1. 2010
    attachements.zip
    Sehnal, D.
    2. 1. 2010
    Klíčová slova keywords.txt
    Sehnal, D.
    1. 1. 2010
    posudek oponenta posudek-sehnal.pdf
    Matyska, L.
    5. 2. 2010
    thesis.pdf
    Sehnal, D.
    1. 1. 2010

    • Přidání souboru

      Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

    • Další operace se soubory

      Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

    • Pohled pro experty

      Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

    • Vyhledávání souborů

      Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

    • Rychlý přístup k souborům

      Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.