Enzymy jsou velká třída proteinů, která řídí nepřeberné množství chemických reakcí v přírodě. Tyto reakce probíhají v takzvaných aktivních místech. V případě, že se tato aktivní místa nacházejí pod povrchem proteinu, tak k specificitě a rychlosti enzymatické reakce velkou měrou přispívá i přístupová cesta. Tu musí substrát do aktivního místa projít - tunel. V některých vědeckých publikacích jsou nalezené tunely experimentálně ověřeny a jejich vlastnosti jsou diskutovány. Takovýchto dat ale není mnoho. Je proto velmi užitečné mít metodiku, pomocí které můžeme vyhledat proteiny s podobnou funkcí. V nich pak identifikovat tunely s obdobnými fyzikálně chemickými vlastnostmi tak, abychom mohli použít již publikované výsledky pro tyto nalezené proteiny. Právě vytvoření tohoto pracovního schématu je předmětem této bakalářské práce. Konkrétní cíle práce jsou:

• Nastudovat pojmy související s problematikou (homologie, tunely, zarovnání proteinů, PDB formát, apod.)
• Seznámit se se softwarovými nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a nástrojem Mole.
• Navrhnout a implementovat metodiku, která bude na základě vstupních proteinů vyhledávat v PDB databázi homologní a současně strukturně velmi podobné proteiny.
• Použitelnost navrženého řešení demonstrovat na konkrétním případě

Navržené řešení bude v případě kvalitního zpracování využito na pracovišti školitele.