Transmembránové proteiny vytvářející v buněčných membránách takzvané kanály (póry), jsou nezastupitelné v mnoha základních biologických procesech. Jedná se např. o buněčnou signalizaci nebo transport látek přes buněčnou membránu. Přesné zjištění funkce těchto kanálů umožňuje lépe pochopit podstatu mnoha nemocí, které jsou jejich špatnou funkcí způsobeny, a následně pomáhá efektivněji cílit léčbu.

Existuje několik nástrojů, které lze s úspěchem využít při in silico studiu transmembránových kanálů. Jedním z nich je i MOLE, který je vyvíjen na platformě WebChemistry na pracovišti školitele. Pomocí tohoto nástroje můžeme určit fyzikálně chemické vlastnosti kanálů. Nicméně jako každý softwarový nástroj, i MOLE vyžaduje pro správnou funkci netriviální kombinaci vstupních parametrů. Toto může být pro nezkušeného uživatele překážkou. Je proto velmi užitečné mít nástroj, který je schopen v proteinových strukturních databázích identifikovat proteiny sloužící k transmembránovému transportu látek a tyto kanály posléze automaticky bez dalších vstupů od uživatele identifikovat.

Konkrétní cíle práce jsou:

• Nastudovat pojmy, související s problematikou (kanály a jejich identifikace, Delaunayova triangulace, Voronoiovy diagramy).
• Seznámit se s nástrojem MOLE a platformou WebChemistry.
• Navrhnout a implementovat softwarový nástroj, který pro skupinu transmembránových proteinů anotovaných v databázi OPM automaticky identifikuje pór a jeho vlastnosti.
• Použitelnost navrženého řešení demonstrovat na vybrané skupině proteinů.