Diplomová práce

Mobilní aplikace pro vizualizaci molekul

Mobile application for molecular visualization

Bc. Marek Maruška, učo 325049
Anotace

Táto práca sa zameriava na vizualizáciu proteinových štruktúr a ich tunelov na prenosných zariadeniach. Najprv popisujeme existujúce aplikácie, ktoré zobrazujú proteinové štruktúry, následne predstavíme vlastnú implementáciu pre platformu android. Naša aplikácia umožňuje užívateľovi zobraziť molekuly pomocou štandardných vizualizačných modelov, ako napr. "balls and sticks" a "secondary structures" a je takisto schopná vykresliť tunely predpočítané aplikáciou CAVER Analyst.

Abstract

This thesis focuses on visualization of protein structures and their tunnels on portable devices such as smartphones and tablets. First we describe the existing applications that visualize protein structures, then we introduce our own implementation for Android platform. Our application enables the user to visualize molecules using standard visualization models, e.g., balls and sticks, secondary structures, and is also capable of rendering tunnels precomputed by CAVER Analyst.

Klíčová slova
protein secondary structure tunnel visualization CAVER Analyst sekundárna štruktúra tunel vizualizácia
Zadání práce
Úkolem studenta je prostudovat aktuální možnosti vývoje mobilních aplikací pro vizualizaci molekul a poté navrhnout a implementovat vlastní aplikaci, která bude sloužit k zobrazení a základnímu prozkoumání proteinových struktur a jejich tunelů. Aplikace bude navržena pro platformu Android a bude optimalizována na tablety. Aplikace umožní základní transformační operace s načtenou molekulou, dále pak změnu způsobu vykreslení dle tradičně používaných metod a změnu použitého barevného schématu pro jednotlivé typy atomů. Další podporovanou funkcionalitou bude možnost načtení a vizualizace tunelů v proteinech, které byly předem spočteny pomocí nástroje CAVER. Pro lepší orientaci uživatele v molekule bude podporováno i zobrazení sekvenční informace o proteinovém řetězci, včetně možnosti interaktivní selekce jednotlivých aminokyselin, které se automaticky zvýrazní rovněž v prostorové reprezentaci molekuly. V textové části student popíše aktuální stav v této oblasti a vhodné technologie a poté se zaměří na popis vlastního návrhu řešení a implementace.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
31. 5. 2016 18:23, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Plný text práce
17,2 MB / soubor PDF
Přílohy (3)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
28. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Konzultant

RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D.
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.