Diplomová práce

Detekce a vizualizace charakteristik proteinových struktur

Detection and Visualization of Protein Structure Characteristics

Bc. Matúš Kotry, učo 255613
Anotace

Nevyhnutnou súčasťou modernej biochémie a medicíny sú počítačové aplikácie slúžiace na analýzu a vizualizáciu proteínových štruktúr. Výrazne uľahčujú bádateľom porozumieť týmto komplexným štruktúram, ktoré sú prítomné v každom živom organizme. Takéto aplikácie sú v súčasnosti vyvíjané na rôz-nych univerzitách po celom svete. Cieľom tejto práce je implementovať dve metódy zaoberajúce sa detekciou a …více

Abstract

Computer applications for protein structure analysis and visualization are indispensable in modern biochemistry and medicine. They significantly help researchers to understand these complex structures, contained in every living organism. Such applications are currently being developed on various universities around the world. Aim of this thesis is to implement two methods for detection and visualization …více

Klíčová slova
proteín vizualizácia sekundárna štruktúra molekulárny povrch molekulárna dutina CAVER Viewer visualization secondary structure molecular surface molecular cavity
Zadání práce
Zadáním práce je navrhnout a implementovat statickou a dynamickou vizualizaci sekundárních struktur proteinů. Dále se student zaměří na detekci a vizualizaci molekulárního povrchu a dutin. Hlavními kritérii jsou rychlost výpočtu (řádově v sekundách/desítkách sekund) a aplikovatelnost na libovolně velkou proteinovou strukturu (alespoň částečná nezávislost na počtu atomů). Sekundární struktury, povrch i dutiny bude možno obarvit dle nejbližšího okolí. Práce bude zahrnovat integraci obou vizualizačních technik do aplikace CAVER Viewer. V textové části student popíše běžně používané algoritmy pro výpočet sekundárních struktur a detekci molekulárního povrchu, vybere nejvhodnější pro daný účel a zdůvodní použití. Dále bude přítomno porovnání dosažených výsledků s vizualizačními algoritmy aplikací s podobným zaměřením.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
29. 5. 2012 08:47, Mgr. Vilém Šustr, učo 140485
Plný text práce
7,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
25. 6. 2012
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Vilém Šustr, učo 140485
abs FI MU

Oponent

RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D.
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Matúš Kotry FI N-IN GRA, učo 255613 h8g1i/6
Tomíčková, M.
17. 4. 2012
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Kotry, M.
24. 5. 2012
Anotace česky annotation.txt
Kotry, M.
24. 5. 2012
diplomova_praca.pdf
Kotry, M.
24. 5. 2012
Klíčová slova keywords.txt
Kotry, M.
23. 5. 2012
Posudek oponenta kotry.pdf
Strnad, O.
18. 6. 2012

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.