Cílem této diplomové práce je navrhnout a implementovat sadu vizualizací sloužících pro vizuální prozkoumání a porovnávání sady vzájemných konformací dvou interagujících proteinů. Tyto sady jsou získány jako výstup existujících nástrojů pro analýzu protein-proteinových interakcí, jako je například HADDOCK nebo PyDOCK. Hlavním problémem je skutečnost, že tyto nástroje produkují desítky potenciálních řešení a úkolem biochemika je následně tato řešení prozkoumat a posoudit jejich relevanci. Bez vhodné vizuální podpory je však tento proces velmi náročný. Studentka tedy v rámci své diplomové práce nejdříve analyzuje výstupy ze zmíněných nástrojů a poté navrhne a implementuje vhodné vizualizace, které uživateli usnadní proces posuzování biochemické relevance jednotlivých řešení. Vizualizace budou zahrnovat 3D reprezentace umožňující porovnávání řešení pomocí techniky tzv. "exploded views" a rovněž 2D abstraktní reprezentace sloužící k filtraci řešení splňujících dané parametry a reprezentaci kontaktní zóny mezi proteiny na úrovni jednotlivých aminokyselin. Vizualizace budou vznikat v prostředí již existující aplikace CAVER Analyst.

V textové části práce studentka popíše aktuální stav řešené oblasti a návrh a implementaci vlastních vizualizací, včetně jejich integrace do aplikace CAVER Analyst.