Diplomová práce

Vizualizace toku molekul vody v proteinových dynamikách

Visualization of water molecules in protein dynamics

Bc. Tomáš Gordian
Anotace

Cieľom tejto diplomovej práce bolo skúmanie pohybu molekúl vody v proteínových dynamikách a rozšírenie existujúcich možností v rámci projektu CAVER Analyst. V rámci práce boli implementované nové funkcionality umožňujúce sledovanie väčšieho množstva molekúl vody interagujúcich s proteínom. Tieto funkcionality obsahujú 3D a 2D vizualizácie zobrazujúce smer, počet a miesta kadiaľ molekuly vody prichádzajú a odchádzajú z proteínu, ako aj aminokyseliny, ktoré sa v okolí týchto miest nachádzajú.

Abstract

The goal of this thesis was to study the movements of molecules of water in protein dynamics and to extend the existing solutions within the CAVER Analyst project. New features were implemented that enable to focus on a large set of molecules interacting with protein. These features include 3D and 2D visualizations showing direction, number and places where molecules of water are coming from and leaving the protein, and also showing amino acids around such places.

Klíčová slova
CAVER Analyst proteíny aminokyseliny molekuly vody vizualizácia OpenGL Java proteins amino acids water molecules visualization
Zadání práce
Cílem diplomové práce je umožnit studování pohybu molekul vody v proteinových dynamikách. Práce navazuje na článek "Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics - Vad et al." V rámci této práce, student rozšíří existující možnosti nástroje CAVER Analyst. Zejména navrhne a implementuje řešení pro vizuální analýzu trajektorií molekul vody ve 3D. Navržené řešení musí umožnit uživateli získat následující informace: - směru toku vody do/z proteinu - množství molekul vody, které danou oblastí během simulace proteklo - identifikovat části trajektorie na základě dělení navrženého ve Watergate článku Ačkoliv navržené řešení může vyžadovat předpočítání dat, vlastní vizualizace musí být zcela interaktivní a umožňovat uživateli soustředit se jen na zvolenou část dat.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
21. 7. 2020 22:25, RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
Plný text práce
3,8 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
17. 9. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
KVI FI MU

Oponent

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.