Bakalářská práce

Vizualizace proteinových rodin pomocí 2D diagramů

Vizualization of protein families using 2D diagrams

Amálie Švehlová
Anotace

V současné době máme k dispozici dostatečné množství informací pro zkoumání struktury jednotlivých proteinových rodin. Klíčovým krokem pro studium struktury proteinových rodin je jejich vizualizace. Vhodnou metodikou pro zobrazení kompletních proteinových rodin je jejich vizualizace pomocí 2D diagramů sekundární struktury. K tomuto účelu byl nedávno vyvinut softwarový nástroj 2DProts. Cílem mé bakalářské …více

Abstract

Currently, we have sufficient information to investigate the structure of individual protein families. A key step for studying the structure of protein families is their visualization. A suitable methodology for visualizing complete protein families is to visualize them using 2D secondary structure diagrams. The software tool 2DProts has recently been developed for this purpose. The goal of my bachelor …více

Klíčová slova
proteiny proteins vizualizace visualization 2D diagram sekundární struktury 2D diagram of secondary structure 2DProts analýza analysis
Zadání práce
V současné době máme k dispozici velké množství experimentálně získaných 3D struktur zástupců jednotlivých proteinových rodin a tyto struktury jsou uloženy v Protein Data Bank. Díky tomu je dostupno také netriviání množství proteinových struktur v rámci jednotlivých proteinových rodin. Proto bylo nutno vyvinout softwarové nástroje pro vizualizaci proteinových rodin. Prvním dostupným softwarovým nástrojem tohoto typu je 2DProts, který je schopen zobrazit všechny členy určité proteinové rodiny v rámci jednoho 2D diagramu. Cílem práce je otestovat a analyzovat, jestli je 2DProts schopen korektně zobrazit široké spektrum různých proteinových rodin. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Vytvořit datovou sadu z vybraných molekul měsíce, uváděných v Protein Data Bank, a dohledat k informace ohledně proteinových rodin, do kterých tyto molekuly patří.
  • Vytvořit webovou stránku, která bude pro každou z těchto proteinových rodin obsahovat její vizualizace pomocí 2D diagramů a další relevantní informace.
  • Analyzovat kvalitu vizualizace pro jednotlivé proteinové rodiny.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2023 06:51, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
8,6 MB / soubor PDF
Přílohy (3)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
28. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
CF BioData CSB CEITEC MU

Oponent

prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
ext ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.