Disertační práce

Anotace a vizualizace sekundární struktury proteinů

Annotation and visualization of protein secondary structure

Mgr. et Mgr. Adam Midlik
Anotace

Elementy sekundární struktury (SSE) jsou nedílnou součástí proteinových struktur a jejich uspořádání je charakteristické pro každou proteinovou rodinu. Proto může anotace těchto SSE usnadnit orientaci v množství struktur, jaké je dnes dostupné pro mnoho proteinových rodin. Anotace SSE nám též umožňuje identifikovat a anotovat klíčové regiony, jako jsou aktivní místa a tunely, a posléze zodpovědět klíčové …více

Abstract

Secondary structure elements (SSEs) are inherent parts of protein structures, and their arrangement is characteristic for each protein family. Therefore, annotation of the SSEs can facilitate orientation in the vast number of structures which is now available for many protein families. The SSE annotation also provides a way to identify and annotate the key regions, like active sites and channels, and …více

Klíčová slova
protein structure secondary structure element SSE annotation cytochrome P450 CYP secondary structure consensus visualization SecStrAnnotator OverProt 2DProts struktura proteinu element sekundární struktury anotace cytochrom P450 konsensus sekundární struktury vizualizace
Zadání práce
An availability of huge amount of biomacromolecular 3D structures provides us a great opportunity to answer key biological questions. Important parts of the biomacromolecules are secondary structure elements. During analysis of the structural data, we often need to know positions of these elements. It helps us in comparison of structures, their superimposition, detection of various chemical objects etc.. Because many different structures are available for one type of biomacromolecule (e.g., more than 100 samples of various cytochromes), it would be very helpful to have a methodology for automatic annotation of their secondary structure elements. Such a methodology is currently not available and therefore I will focus on its development in my work.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
12. 7. 2022 12:14, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
27,5 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
8. 9. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponenti

prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
ext PřF MU, VŠCHT Praha
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Konzultant

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomolekulární chemie a bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.