Apoptóza, tedy programovaná smrt buňky, je velmi důležitým biochemickým procesem. V okamžiku, kdy buňka není schopna vykonávat svou funkci nebo je příliš poškozena, se v ní spusí apoptotické procesy. Tyto procesy buňku rozloží tak, aby byla okolní tkáň co nejméně poškozena. Rozhodnutí, jestli je signál předávaný buněčným receptorem tolerován nebo způsobí apoptózu je citlivě regulováno proteiny z rodiny BCL-2. Významnou součástí této rodiny jsou BH3-only proteiny, které zpracovávají specifické signály jako je genotoxický stres, stres způsobený akumulací denaturovaných proteinů atd.. Klíčovou oblastí těchto proteinů je BH3 doména, která je zodpovědná za interakci BH3-only proteinů s dalšími apoptotickými proteiny. V současné době máme v Protein Data Bank k dispozici velké množství informací o strukturách BH3-only proteinů. Proto máme možnost studovat strukturu BH3 domén těchto proteinů pomocí metod výpočetní chemie a strukturní bioinformatiky. Na popsané téma je zaměřena tato bakalářská práce. Konkrétní cíle práce jsou:

• Nastudovat základní pojmy z oblasti apoptózy a BH3-only proteinů
• Seznámit se s Protein Data Bank a se softwarem SiteBinder, který slouží pro přikládání strukturních motivů proteinů
• Připravit si datovou sadu pro analýzu BH3 domén.
• Analyzovat vliv různých faktorů na strukturu BH3 domén. Konkrétně vliv proteinu, ze kterého doména pochází, proteinu, se kterým je doména komplexována, organizmu, z něhož doména pochází, atd.