Změny ve struktuře proteinů po interakci s ligandem (proteinem nebo malou molekulou) hrají důležitou roli nejen ve funkci samotného proteinu, ale mají také vliv na chování celé buňky v procesu nádorové přeměny. K detekci těchto změn se využívá metoda výměny vodíku za deuterium (H/D), ke které dochází při kultivaci proteinu s ligandem a bez ligandu v pufru s deuterovanou vodou. Změny v hmotnostech peptidů jsou měřeny pomocí hmotnostní spektrometrie a hodnoceny příslušnými programy. K úspěšnému výsledku je třeba získat co nejvíce experimentálních informací o primární struktuře proteinu. To je prováděno metodou peptidového mapování, jež spočívá v proteolytickém štěpení proteinu a měření vzniklých peptidů pomocí LC-MS/MS. K proteolytickému štěpení se standardně používá pepsin, který však u některých proteinů není dostatečně účinný. Proto chceme v naší laboratoři zavést proteolytické štěpení proteinů dalšími enzymy (Nepenthesin-1 a Rhizopuspepsin). Cílem této diplomové práce bude příprava a purifikace těchto rekombinačních enzymů pomocí zavedených technik genového inženýrství, jejich imobilizace v koloně a odzkoušení v reálném H/D experimentu využívající robotické dávkování vzorku spojené s analýzou na hmotnostním spektrometru Orbitrap Elite a interpretací dat programem HDExaminer. Doporučená literatura Kadek A, Mrazek H, Halada P, Rey M, Schriemer DC, Man P. Aspartic protease nepenthesin-1 as a tool for digestion in hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. Anal Chem. 2014 May 6;86(9):4287-94. Rey M, Man P, Brandolin G, Forest E, Pelosi L. Recombinant immobilized rhizopuspepsin as a new tool for protein digestion in hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. Rapid Commun Mass Spectrom. 2009 Nov;23(21):3431-8. Kadek A, Tretyachenko V, Mrazek H, Ivanova L, Halada P, Rey M, Schriemer DC, Man P. Expression and characterization of plant aspartic protease nepenthesin-1 from Nepenthes gracilis. Protein Expr Purif. 2014 Mar;95:121-8. Jméno školitele: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. Jméno konzultanta: Mgr. Dominika Coufalová Pracoviště: RECAMO, Masarykův onkologický ústav, Žlutý kopec 7, Brno e-mail: lenka.hernychova@mou.cz