Bakalářská práce

Pipeline pro analýzu dat z cíleného stanovení bakteriálních kmenů pomocí multiplex qPCR

Development of pipeline for analysis of data from targeted sequencing of bacterial strains using multiplex qPCR

Kateřina Pohanová
Anotace

Multiplexní kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR) představuje mocný nástroj pro detekci a kvantifikaci více bakterií v jediné reakci. Analýza komplexních dat generovaných multiplexní qPCR však může být zdlouhavá a náročná. Tato bakalářská práce se zabývá touto problematikou zavedením pipeline napsané v jazyku R, která je speciálně navržena pro zefektivnění analýzy dat multiplexní qPCR pro …více

Abstract

Multiplex quantitative polymerase chain reaction (qPCR) is a powerful method for detecting and quantifying multiple bacterial targets within a single reaction. However, analyzing the complex data generated by multiplex qPCR can be time-consuming and challenging. This thesis addresses this challenge by introducing an R-based pipeline specifically designed to streamline the analysis of multiplex qPCR …více

Klíčová slova
kvantitativní polymerázová řetězová reakce multiplexní kvantitativní polymerázová řetězová reakce pipeline analýza dat program R quantitative polymerase chain reaction multiplex quantitative polymerase chain reaction data analysis
Zadání práce
Identifikace a kvantifikace specifických bakteriálních kmenů probiotickými vlastnostmi či asociovaných s patologických stavy je důležitá v klinické praxi. Metodicky lze laboratorní analýzu provést s využitím mikrobiologických kultivačních metod a/nebo metod molekulární biologie, jako je kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR). Výhodou qPCR je, že lze stanovit i mikroorganismy, které je obtížné kultivovat. Zároveň lze reakci provést pro stanovení několika bakterií současně, v tzv. multiplexu.

Cílem bakalářské práce bude:
1) pochopit princip multiplex qPCR pro analýzu bakterií
2) navrhnout způsob hodnocení dat po multiplex qPCR
3) vytvořit pipeline pro takové hodnocení
4) sepsat standardní operační protokol
5) pomocí pipeline analyzovat data z několika multiplex qPCR panelů provedených na klinických vzorcích


Literatura: doi: 10.3390/diagnostics10010008
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
17. 5. 2024 09:25, Mgr. Jan Böhm, učo 408849
Plný text práce
3 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Jan Böhm, učo 408849
MicroBiom CentLab RECETOX PřF MU

Oponent

Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D., učo 356955
MicroBiom CentLab RECETOX PřF MU

Konzultant

prof. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA, učo 106107
Environ EnvEpi RECETOX PřF MU

Literatura

  • SLABÝ, ET AL., Ondřej. Molekulární medicína. 2015. ISBN 978-80-7492-121-6.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.