Diplomová práce

Circular visualization of sequencing data

Bc. Kateřina Pohanová
Anotace

Technologie sekvenování s vysokou propustností generují rozsáhlé a komplexní datové soubory, jejichž analýza a interpretace zůstávají náročné kvůli roztříštěnosti mezi různými nástroji. Tato diplomová práce se tímto problémem zabývá prostřednictvím vývoje modulárního postupu v jazyce R pro statistickou analýzu a kruhovou vizualizaci sekvenačních dat. Tato pipeline využívá standardizované výstupy …více

Abstract

High-throughput sequencing technologies generate large and complex datasets, whose analysis and interpretation remain challenging due to fragmentation across multiple tools. This thesis addresses this issue by developing a modular pipeline in R for the statistical analysis and circular visualization of sequencing data. The pipeline utilizes standardized outputs from nf-core workflows and integrates …více

Klíčová slova
pipeline analýza dat program R 16S rRNA refluxní choroba jícnu cirkulární vizualizace sekvenční data ampliseq nf-core data analysis gastroesophageal reflux disease circular visualization sequencing data
Zadání práce
The aim of this master’s thesis is to develop R scripts for circular visualization of sequencing data with focus on metagenomics data. The developed scripts will utilize standardized outputs from nf-core pipelines as inputs for creating visualizations that facilitate data exploration, group comparisons, and the interpretation of statistical testing results. A significant component of this thesis will involve the analysis of data from the GERD (Gastroesophageal Reflux Disease) project, with a focus on identifying and interpreting differences between various GERD diagnoses using advanced statistical methods.

The candidate will:
  • Perform bioinformatics analysis of 16S rRNA amplicon sequencing data.
  • Apply appropriate statistical techniques to compare groups, assess variability, and test hypotheses.
  • The results of these analyses will then be visualized using the developed scripts.
  • The final deliverables will include modular, well-documented R scripts, demonstration visualizations applied to real GERD datasets, and a comprehensive guide for preparing inputs, analyzing data, and interpreting outputs.
Literature:
Gu Z, Gu L, Eils R, Schlesner M, Brors B. circlize Implements and enhances circular visualization in R. Bioinformatics. 2014 Oct;30(19):2811-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btu393. Epub 2014 Jun 14. PMID: 24930139.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
13. 5. 2026 15:14, doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA, učo 106107
Plný text práce
1,1 MB / soubor PDF

Upozornění:

Část závěrečné práce byla v souladu s § 47b zákona o vysokých školách skryta z důvodu překážky pro její zveřejnění do 11. 5. 2029.

Odůvodnění: Zveřejnění částí této závěrečné práce týkající se kapitol 3–7, příloh A (Manual), demo_code.R a demonstration_output.zip je z důvodu ochrany duševního vlastnictví odloženo do 11. 5. 2029.

Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
10. 6. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA, učo 106107
Environ EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

Mgr. Soňa Smetanová, Ph.D., učo 184544
Farmak EnvChem RECETOX PřF MU

Konzultanti

Ing. Vojtěch Bartoň, učo 429992
MicroBiom CentLab RECETOX PřF MU
Mgr. Jan Böhm, učo 408849
MicroBiom CentLab RECETOX PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.