Lidský mikrobiom ovlivňuje metabolismus, endokrinní a imunitní systém hostitele a to buď lokálně (na úrovni sliznice) nebo globálně (na úrovni hostitele). Je proto možné, že je možné jej využít pro předpovídání různých charakteristik kolorektálních nádorů (KRK).

Cílem diplomové práce je zjistit jestli by mohly být použity pro vytvoření klinicky relevantního prediktoru pro stádium nádoru.

Studentka v tomto projektu bude pracovat na skutečných datech mikrobiálního složení stolice metodou celogenomového sekvencování (WMGS) a složení miRNA ze stolice u pacientů s kolorektálním karcinomem.

Studentka v průběhu práce:
1. vypracuje kritický přehled současné literatury na téma miRNA a WMGS ze stolice jako prediktivních biomarkerů KRK
2. navrhne systém porovnávání vybraných klasifikátorů s cílem objasnit jejich chování s ohledem na (a) velikost vzorku, (b) variabilitu mezi soubory.
Nakonec bude navržen, implementován vybraný model a odhadnuta výkonnost jeho výsledného modelu s převzorkováním na nezávislých datech.


Literatura:
Schetter AJ, Okayama H, Harris CC. The role of microRNAs in colorectal cancer. Cancer J. 2012 May-Jun;18(3):244-52. doi: 10.1097/PPO.0b013e318258b78f. PMID: 22647361; PMCID: PMC3397427.

Zeller G, Tap J, Voigt AY, Sunagawa S, Kultima JR, Costea PI, Amiot A, Böhm J, Brunetti F, Habermann N, Hercog R, Koch M, Luciani A, Mende DR, Schneider MA, Schrotz-King P, Tournigand C, Tran Van Nhieu J, Yamada T, Zimmermann J, Benes V, Kloor M, Ulrich CM, von Knebel Doeberitz M, Sobhani I, Bork P. Potential of fecal microbiota for early-stage detection of colorectal cancer. Mol Syst Biol. 2014 Nov 28;10(11):766. doi: 10.15252/msb.20145645. PMID: 25432777; PMCID: PMC4299606.