Bakalářská práce

LLWS: REST backend for centralized execution of bioinformatics calculations

Petr Kabourek, učo 242739
Anotace

Cílem této práce bylo vyvinout novou službu nazvanou Loschmidt Laboratories Web Services (LLWS). Jejím hlavním cílem je řízení výpočtů webových aplikací vyvíjených v Loschmidtových Laboratořích, MU, pro proteinové inženýrství. LLWS nabízí jednoduchý přístup k implementaci bioinformatických nástrojů bez komplexity spojené s řízením výpočtů na výpočetních clusterech. Logika samotných výpočtů je plně …více

Abstract

The aim of this work was to develop a new service called Loschmidt Laboratories Web Services (LLWS). Its main purpose is handling computations of protein-engineering web applications developed in Loschmidt Laboratories, MU. LLWS offers a simple approach to implementing bioinformatics tools without the complexity associated with managing calculations on computing clusters. The logic of the calculations …více

Zadání práce
The thesis aims to design and implement a web backend application that will, using a REST interface, provide an easy submission of bioinformatics calculations on a computing cluster for web tools developed in the Loschmidt Laboratories at the Faculty of Science, MU. The backend must provide uniform interfaces for working with virtual sessions, files, computational tasks, as well as parsers of output files of bioinformatics applications into JSON format. The backend must implement authentication of multiple users with variable priviledges. Provided APIs for running computations and parsers must be as generic as possible, allowing for the easy addition of new types. All APIs, calculation rules, and parsers must be easily versionable with backward compatibility support so that when a new version is released, all clients need not be updated. The basic and most crucial non-functional requirement is the robustness of the solution so that the server can handle recovery after outages, migrations to newer versions, and try to protect clients from technical (i.e., not caused by user data) problems on the computing infrastructure or third-party services. A client library in the Java programming language must be developed for the backend services.
Práce zkontrolována:
19. 5. 2023 07:50, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
28. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KSUZD FI MU

Oponent

RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
KVI FI MU

Konzultant

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D., učo 222755
Model ProtIng RECETOX PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.