Diplomová práce

Metody pro výpočet poloh atomů vodíků v proteinech

Methods for calculation of hydrogen atom coordinates in proteins

Bc. Šimon Zouvala
Anotace

{V této diplomové práci se věnujeme metodám výpočtu souřadnic vodíků v proteinových strukturách. Atomy vodíků tvoří téměř polovinu všech atomů ve struktuře proteinu a hrají důležitou roli pro některé druhy aplikací, například výpočet parciálních atomových nábojů. V proteinových strukturách však často chybí vodíky, jelikož velká část struktur v Protein Data Bank je stanovena metodami rentgenové krystalografie …více

Abstract

In this thesis, we deal with methods for calculating the coordinates of hydrogen atoms in protein structures. Hydrogen atoms make up almost half of all atoms in the protein structure and play an important role in some types of applications, such as the calculation of partial atomic charges. However, hydrogens are often absent in structures, as much of the structures found in the Protein Data Bank …více

Klíčová slova
proteiny 3D struktura souřadnice atomů vodíku parciální atomové náboje proteins 3D structure coordinates of hydrogen atoms partial atomic charges
Zadání práce
Díky vysoce výkonným metodikám pro stanovování proteinové struktury máme k dispozici velké množství dat o struktuře jednotlivých proteinů. Tato data jsou uložena v Protein Data Bank (PDB) a jsou volně přístupná. Proteinové struktury jsou důležitým vstupem pro další analýzy a simulace. Pro některé druhy aplikací (např. výpočet parciálních atomových nábojů) je nutné, aby proteinové struktury obsahovaly i souřadnice atomů vodíků. Ty však ve většině struktur z Protein Data Bank obsaženy nejsou, protože velká část těchto struktur byla stanovena metodami rentgenové krystalografie nebo kryoelektronové mikroskopie, které polohy atomů vodíků neurčují. Tato diplomová práce zaměřuje na metody pro výpočet poloh atomů vodíků v proteinech, u nichž informace o souřadnicích vodíků chybí. Cíle diplomové práce jsou:
  • Rešerše metod a softwarových nástrojů pro výpočet poloh atomů vodíků v 3D strukturách proteinů
  • Seznámení se s jednotlivými softwarovými nástroji a jejich funkcionalitou
  • Vytvoření datové sady 3D struktur proteinů z PDB obsahujících informace o polohách atomů vodíků (půjde o proteiny získané pomocí nukleární magnetické rezonance)
  • Analýza kvality a efektivity jednotlivých metod a softwarových nástrojů
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
1. 6. 2021 01:15, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
898,1 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
8. 7. 2021
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
VyCh CSB CEITEC MU
prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponent

prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
ext ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.