Diplomová práce

Charakterizace vazby rostlinných proteinů vážících se na telomerické sekvence

Characterization of the binding specificity of the plant telomeric sequence binding proteins

Bc. Ivona Vychodilová, učo 324085
Anotace

Telomerické repetice se nejčastěji vyskytují na fyzických koncích eukaryotických chromozomů, ale mohou být lokalizované i v jiných částech rostlinného genomu. V mnoha organizmech za vazbu proteinů na dvouvláknovou telomerickou DNA zodpovídá Myb-like doména typu telobox. Rostlinné proteiny s Myb-doménou typu telobox na svém N-konci jsou řazeny do rodiny SMH (Single Myb Histone). Členové této rodiny …více

Abstract

Telomeric repeats most often occur at the physical ends of the eukaryotic chromosomes, but may be located in other parts of the plant genome. The telobox, a Myb-related telomeric DNA binding motif is responsible for protein binding to double-stranded telomeric DNA in many organisms. Plant proteins with telobox at its N-terminus are classified into the family SMH (Single Myb Histone). Members of this …více

Klíčová slova
Arabidopsis thaliana telomery shelterinový komlex proteiny rodiny SMH AtTRB1 chromatinová imunoprecipitace telomeres shelterin complex Single Myb Histone proteins chromatin immunoprecipitation
Zadání práce
Fyzické konce eukaryotických chromozomů jsou tvořeny repetitivními sekvencemi nazývanými telomery. V naší laboratoři byli již dříve popsány a izolovány proteiny z Arabidopsis thaliana patřící do skupiny SMH (Single Myb Histone), které se nazývají AtTRB (Telomere Repeat Binding). AtTRB proteiny jsou schopny vazby na rostlinné telomerické repetice in vitro, avšak přesná lokalizace těchto proteinů v rámci rostlinného genomu zůstává stále nejasná. V rámci této diplomové práce bude provedena bližší charakterizace vazby AtTRB proteinů na rostlinnou genomovou DNA in vivo. Rozpoznání cílové DNA sekvence AtTRB proteinů a jejich lokalizace přímo v rostlinné buňce napomůže přesnějšímu odhadu zapojení těchto proteinů do mechanizmů buněčné regulace. Pro detailní charakterizaci vazby a případné úlohy AtTRB proteinů u A. thaliana bude využito metod jako například chromatinová imunoprecipitace (ChIP) využívající specifických protilátek proti AtTRB proteinům, analýza délky telomerických repetic u mutantních rostlin či měření změny aktivity telomerázy.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2013 19:06, doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D., učo 12987
Plný text práce
1,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
3. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D., učo 12987
ÚEB Biol PřF MU

Oponent

doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D., učo 12987

Konzultant

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc., učo 28574
MKChr MCGPR CEITEC MU

Literatura

  • MOZGOVÁ, Iva; Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ; Ctirad HOFR a Jiří FAJKUS. Functional characterization of domains in AtTRB1, a putative telomere-binding protein in Arabidopsis thaliana. Phytochemistry. England: Pergamon-Elsevier Science Ltd, 2008, roč. 69, č. 9, s. 1814-1819. ISSN 0031-9422.
  • PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ, Petra; Milan KUCHAŘ; Jan PALEČEK a Jiří FAJKUS. Mapping of interaction domains of putative telomere-binding proteins AtTRB1 and AtPOT1b from Arabidopsis thaliana. FEBS LETT. Netherlands: Elsevier Science BV, 2008, roč. 582, č. 10, s. 1400-1406. ISSN 0014-5793.
  • PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ, Petra; Miloslava FOJTOVÁ; Petr MOKROŠ; Klaus D. GRASSER a Jiří FAJKUS. Role of HMGB Proteins in Chromatin Dynamics and Telomere Maintenance in Arabidopsis thaliana. CURRENT PROTEIN & PEPTIDE SCIENCE. BENTHAM SCIENCE PUBL LTD, 2011, roč. 12, č. 2, s. 105-111. ISSN 1389-2037.
  • PEŠKA, Vratislav; Petra PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ a Jiří FAJKUS. Using the Telobox to Search for Plant Telomere Binding Proteins. CURRENT PROTEIN & PEPTIDE SCIENCE. BENTHAM SCIENCE PUBL LTD, 2011, roč. 12, č. 2, s. 75-83. ISSN 1389-2037.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.