Interakce mezi vazebnými partnery lze charakterizovat z hlediska jejich mechanismu a síly. Mezi nejčastěji používané metody k charakterizaci patří např. řada spektroskopických metod (UV VIS spektroskopie, fluorimetrie, atd.), kalorimetrické metody, ultracentrifugace, rovnovážná dialýza, kapalinová chromatografie, a v neposlední řadě i kapilární elektroforéza (CE). Obecné výhody CE jsou vysoká účinnost, rychlost analýz, nízká spotřeba vzorku a reagencií a možnost automatizace. Na rozdíl od jiných technik lze při studiu interakcí pomocí CE vyzdvihnout možnost interakce ve volném roztoku a nativní stav interakčních partnerů. Běžně užívaným CE módem v afinitních studiích je kapilární elektroforéza - frontální analýza (CE-FA), která využívá k přípravě vzorků tzv. off-line uspořádání. Reakční směs je tedy připravována v reakční nádobce a CE slouží pouze pro separaci. Při přípravě vzorků v tzv. on line uspořádání slouží křemenná kapilára nejen jako separační kolona, ale také jako reakční prostor k smíchání vzorku. Celý proces je tak plně automatizován a všechny dílčí kroky probíhají uvnitř CE systému. Cílem bakalářské práce by mělo být provedení literární rešerše na dané téma a následně optimalizovat metodu CE-FA využívající on-line uspořádání pro přípravu vzorku.