Bakalářská práce

GPU akcelerace převodu mezi kartézskými a sférickými souřadnicemi

GPU Accelerated Transformation from Cartesian to Polar Coordinates

Michael Šifalda
Anotace

Předložená bakalářská práce se zabývá akcelerací převodu kartézských souřadnic na sférické, za pomoci paralelního programování na grafikém procesoru. V rámci teoretické části práce jsou popsány použité technologie a výzkum, pro který vzniká implementace, jenž je v této práci akcelerována. Praktická část práce se zabývá vlastním návrhem několika různých implementací řešení problému, jež jsou na základě rychlosti porovnány na několika architekturách grafických procesorů.

Abstract

This bachelor thesis deals with the acceleration of conversion of Cartesian coordinates to spherical coordinates using parallel programming on a graphical processor. Within the theoretical part of the thesis the applied technologies are described as well as the related research. Practical part of this thesis aims to create few implementations of the studied problem, which are compared by computing speed on several GPU architectures.

Zadání práce
V rámci spolupráce UVT MU s Spanish National Center for Biotechnology vzniká GPU-akcelerovaná verze nástroje Xmipp. Nástroj slouží pro rekonstrukci dat z cryo-elektronové mikroskopie, která je realizována jako workflow transformující postupně v mnoha krocích hrubá data z mikroskopu až po 3D model sledované částice (biomolekula, virus aj.). Mnohé z kroků výše zmíněného workflow transformují obrázky z kartézské soustavy součadnic do sférické soustavy souřadnic. V současnosti je k dispozici prototypová CUDA implementace provádející tuto transformaci. Cílem bakalářské práce je prozkoumat existující GPU implementace pro převod obrázků v kartézských souřadnicích do sférických souřadnic a navrhnout případná vylepšení jejich výkonu (využití texturové paměti, využití předvýpočtu transformace, explicitní caching ve sdílené paměti aj.). Nové vytvořená implementace bude optimalizována pro transformaci velkého množství malých obrázků (vhodné pro potřeby Xmipp) a optimalizována pro více architektur GPU (alespoň Maxwell, Pascal, Turing). Pro optimalizaci výkonu s konkrétní velikostí obrázků a s konkrétním hardware bude využit framework Kernel Tuning Toolkit.
Práce zkontrolována:
21. 7. 2020 09:47, doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
24. 9. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898
ANKO DITI ÚVT MU

Oponent

Mgr. et Mgr. Jaroslav Oľha, Ph.D., učo 348646
ANKO DITI ÚVT MU

Konzultant

RNDr. David Střelák, Ph.D.
abs FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.