Disertační práce

Interaktomika: Kombinace přístupů in vitro a in silico

Interactomics: Combined in vitro and in silico approaches

Mgr. Petr Lapčík, učo 409180
Anotace

Proteiny katalyzují všechny důležité buněčné procesy. Většina proteinů vykonává své funkce ve spojení s dalšími proteiny jako část proteinových komplexů, které v buňce tvoří komplexní interakční síť zvanou interaktom. Znalost složení proteinových komplexů umožňuje objasnit biologické funkce jednotlivých proteinů. Hlavním cílem této práce je identifikace metastatických biomarkerů in silico analýzou …více

Abstract

Proteins catalyse all important cellular processes. Most proteins perform their functions in connection with other proteins as a part of protein complexes that form a complex interaction network termed as interactome. Knowledge of the protein complex composition enables clarification of biological functions of individual proteins. The main goal of this work is identification of metastatic biomarkers …více

Klíčová slova
proteomics interactomics breast cancer renal cancer SEC-PCP-SILAC DDA DIA pull-down metastasis GSEA
Zadání práce
Úkolem studenta bude rozšířit spektrum metod pro proteomické studium proteinových komplexů s využitím hmotnostní spektrometrie včetně analýzy dat. Metodika bude aplikována při studiu proteinových komplexů v nádorových buňkách v odpovědi na inhibitory dějů vedoucích ke tvorbě metastáz, získaná data budou srovnávána s databázovými údaji a validována biochemickými metodami. Proteomické metodiky budou využity také při studiu substrátové specifity proteázy CPB1 zapojené do pronádorových mechanismů a při studiu významných dějů bakteriálního metabolismu. Téma bude řešeno v rámci spolupráce s University of British Columbia, Vancouver, Kanada. Financování je zajištěno mj. z projektu Grantové agentury ČR č. 17-05957S včetně částečného pracovního úvazku pro doktoranda.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
25. 3. 2022 08:31, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757
Plný text práce
4,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
28. 4. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757
ÚBioch Chem PřF MU

Oponenti

doc. Mgr. Jan Bouchal, Ph.D.
ext BiolÚ Teorie LF MU, UP LF Olomouc
RNDr. Marek Vrbacký, PhD.
FÚ AV ČR, v.v.i., Praha

Literatura

  • BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Ivana IHNATOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; JTC HO; Josef MARYÁŠ; Hana IMRICHOVÁ; Eva BUDINSKÁ; Rostislav VYZULA; SD GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Combined Proteomics and Transcriptomics Identifies Carboxypeptidase B1 and Nuclear Factor kappa B (NF-kappa B) Associated Proteins as Putative Biomarkers of Metastasis in Low Grade Breast Cancer. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS. BETHESDA: AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC, 2015, roč. 14, č. 7, s. 1814-1830. ISSN 1535-9476. Dostupné z: https://doi.org/10.1074/mcp.M114.041335.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biochemie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.