Diplomová práce

Charakterizace produktu genu Pden_5119 bakterie Paracoccus denitrificans

Characterization of the product of the Paracoccus denitrificans Pden_5119 gene

Bc. Martin Kryl
Anotace

Diplomová práce se zabývá přípravou a charakterizací produktu genu Pden_5119 z bakterie Paracoccus denitrificans. Gen 5119 kóduje enzym řazený mezi NADPH dependenní FMN reduktázy. U enzymu byly stanoveny kinetické parametry, mechanizmus reakce, závislost aktivity na podmínkách reakce a kovalentní modifikací aminokyselinových skupin enzymu chemickými činidly a inhibiční konstanty. Toto stanovení se dělalo pomocí Warburgova optického testu.

Abstract

Diploma thesis is focused on preparation and characterization of product of Pden_5119 gene from bacterium Paracoccus denitrificans. Gene codes enzyme classified as NADPH dependent FMN reductase. Kinetical parameters of the enzyme, mechanism of enzymatic reaction, dependency of enzyme activity on reaction conditions and covalent modification of aminoacidic groups by chemical reagents and inhibition constants were measured by Warburg´s optical test.

Klíčová slova
NADH FMN oxidoreductase Pden_5119 FMN enzymology
Zadání práce
V naší laboratoři jsme z půdní bakterie Paracoccus denitrificans izolovali enzym nazvaný FerB (ferrireduktasa B), který obsahuje vázaný FMN a uskutečňuje přenos elektronů z NADH na různé akceptory (chinony, ionty kovů). Tento enzym jsme již biochemicky charakterizovali, stanovili jeho strukturu ve vysokém rozlišení a nyní zjišťujeme jeho biologickou funkci. Ukazuje se, P. denitrificans obsahuje několik homologních genů, které zřejmě kódují velmi podobné proteiny. Diplomová práce se zaměří na klonování a expresi genu Pden_5119 v E. coli a charakterizaci produktu exprese (enzymová aktivita, substrátová specificita, přítomnost flavinového kofaktoru). Pokud bude získáno dostatečné množství proteinu, student se pokusí a krystalizaci, aby mohla být určena jeho struktura, jež pak bude srovnána se známou strukturou FerB. Funkce klíčových aminokyselinových zbytků bude ověřena místně řízenou mutagenezí. Bude rovněž provedena kvantifikace odpovídajícího transkriptu mRNA in vivo za různých růstových podmínek.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2015 06:05, prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc., učo 911
Plný text práce
1,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
1. 6. 2015
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc., učo 911
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

Mgr. Vojtěch Sedláček, Ph.D., učo 21931
ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.