Napriek tomu, že najdôležitejšou biologickou vlastnosťou molekúl DNA je sekvencia jej nukleotidov shopná kódovať proteíny nezávisle na priestorovom usporiadaní vlákna DNA, niektoré biologické deje môžu byť ovplyvnené štruktúrami vytváranými špecifickými sekvenciami. K najmenej preskúmaným patria triplexy, kde DNA tvorí štruktúru skladajúcu sa z troch vlákien (proti tradičnej dvojvláknovej). Študent naštuduje problematiku triplexových štruktúr, hlavne vlastnosti sekvencie potrebné k ich vzniku (Hoogsteenovo párovanie bází, typ, orientácia a opakovanie špecifických sekvencií). S pomocou vedúceho navrhne a samostatne implementuje algoritmus vyhľadávania opakovaní typických pre vznik intramolekulárnych triplexov. Implementácia vo forme samostatného programu a vhodnej knižnice bude sekvenčne spracovávať vymedzenú oblasť vstupnej sekvencie DNA (typicky genóm alebo jeho väčšiu časť). Užívateľ bude môcť zvoliť minimálnu a maximálnu dĺžku tejto oblasti, percento nekomplementárnych nukleotidov v triplexoch a omedzenie veľkosti a počtu súvislých nespárovaných oblastí. Dôraz nech je na kombinácii citlivosti a rýchlosti implementácie. Výstupom programu bude vhodne formátovaný zoznam kandidátov na tvorbu triplexov.