Bakalářská práce

Funkce pro manipulaci a vizualizaci molekulárních dat v prostředí R

Functions for processing and visualization of molecular data in R

Mgr. Kamil Rajdl, učo 211771
Anotace

Tématem této bakalářské práce je predikce struktury DNA molekul a jejich vizualizace, přičemž jsou vytvořeny funkce pro systém R, které umožnují zobrazovat DNA triplexy. Práce se skládá ze tří kapitol. V první kapitole jsou shrnuty potřebné biologické informace o struktuře a vlastnostech DNA. V druhé kapitole je uveden přehled nejznámějšího softwaru, který se zabývá výpočtem a vizualizací struktury DNA molekul. V poslední, třetí, kapitole jsou pak popsány vytvořené funkce.

Abstract

The topic of this thesis is the prediction of structure of DNA molecules and their visualization. Functions for the system R for visualization of DNA triplexes were created. The work consists of three chapters. The first chapter summarizes the necessary biological information on the structure and properties of DNA. The second chapter provides an overview of the most widely known software that deals …více

Klíčová slova
DNA triplex vizualizace makromolekul sekundární struktura terciální struktura párování nukleotidů visualization of macromolecules secondary structure tertiary structure pairing of nucleotides
Zadání práce
Prostředí R pro statistické výpočty poskytuje díky unifikovanému formátu dat a existenci projektu Bioconductor možnosti pro zajímavou kombinaci různých knihoven a funkcí za účelem dosažení nové analýzy či prezentace dat v oblasti bioinformatiky. Úkolem studenta bude zmapovat situaci v oblasti vizualizace sekundární a terciární struktury biomolekul a vytvořit balík pro vizualizaci DNA triplexů, který poskytne chybějící funkce. Cílem bude dát uživatelům k dispozici několik různých způsobů jak triplexové struktury zobrazit v 2-D nebo 3-D pro další studium nebo publikaci a poskytnout uživateli vhodné volitelné parametry zobrazení.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
17. 5. 2012 07:53, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
952,9 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
21. 6. 2012
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponenti

Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.
VUT FIT
Autor posudku dosud neidentifikován.

Literatura

  • SINDEN, Richard R. DNA structure and function. San Diego: Academic Press, 1994, xxiii, 398. ISBN 0126457506.
  • LEXA, Matej; Tomáš MARTÍNEK; Ivana BURGETOVÁ; Daniel KOPEČEK a Marie BRÁZDOVÁ. A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2011, roč. 27, č. 18, s. 2510-2517. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr439.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Kamil Rajdl FI B-AP BcAP, učo 211771 z63a0/7
Dvořáková, A.
18. 4. 2012
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Rajdl, K.
14. 5. 2012
Anotace česky annotation.txt
Rajdl, K.
14. 5. 2012
Klíčová slova keywords.txt
Rajdl, K.
14. 5. 2012
Plný text práce Bc_prace.pdf
Rajdl, K.
14. 5. 2012
Posudek oponenta Posudek_oponenta.pdf
Dvořáková, A.
26. 6. 2012
Příloha triplex.vis_1.0.tar.gz
Rajdl, K.
14. 5. 2012

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.