Bakalářská práce

Adsorpce antimicrobiálních peptidů na fosfolipidové membrány

Adsorption of antimicrobial peptides at phospholipid membranes

Adam Dobiáš
Anotace

Antimikrobiální peptidy jsou součástí vrozeného imunitního sytému mnoha organizmů. Adsorpce těchto peptidů na biologické membrány je úzce spojena s jejich efektivitou a specificitou. V téhle práci jsme studovali efekt lipidového složení membrány, sekundární struktury peptidů a bodových mutací v sekvenci peptidu na adsorpci. Tyto efekty byly studovány za pomocí molekulové dynamiky s použitím techniky umbrella sampling. Navíc jsme studovali adsorpci na zakřivené membrány.

Abstract

Antimicrobial peptides are a part of innate immune system of many organisms. Adsorption of these peptides on biological membranes is closely related to their effectiveness and specificity. In this thesis, we study effect of membrane lipid composition, effect of peptide secondary structure, and point mutations in peptide sequence on adsorption. These effects were studied using molecular dynamics with umbrella sampling method. Moreover, we investigate peptide adsorption at curved membranes.

Klíčová slova
antimikrobiální peptidy sekundární struktura mutace biologické membrány výpočetní chemie výpočty volných energií umbrella sampling hrubozrnné modely soft matter antimicrobial peptides secondary structure mutations biological membranes computational chemistry free energy calculations coarse-grained models
Zadání práce
Antimikrobiální peptidy tvoří součást obranného mechanismu řady organismů. Účinnost těchto peptidů, v usmrcování bakterií, je blízce spojena se silou adsorpce na membránu dané buňky. Cílem této práce je pomocí počítačových simulací studovat adsorpci několika typických peptidů na membrány napodobující bakteriální a lidské membrány. Simulace budou prováděny na superpočítačích v prostředí Linuxu, jehož znalost je tedy výhodou, ale ne nutnou podmínkou. Předpokládá se schopnost porozumět anglickému textu, dobrý vztah k výpočetní technice a učení se nových programů. Student získá znalosti v oblasti Linuxu, počítačových simulací a molekulového modelování. Pokyny pro vypracování: 1. Vypracování literární rešerše ke zvolené problematice 2. Příprava systémů pro simulace 3. Provedení simulací a jejich vyhodnocení Práce může být vypracována v českém nebo anglickém jazyce.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2018 23:05, Mgr. Ivo Kabelka, Ph.D., učo 357312
Plný text práce
17,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
13. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Ivo Kabelka, Ph.D., učo 357312
RoVa CSB CEITEC MU

Oponent

José Gaspar Rangel Pamplona Pizarro Pinto
RECETOX PřF MU

Konzultant

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD., učo 115936
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.