Antimikrobiální peptidy hrají důležitou roli v obranném systému člověka a mnoha dalších organismů. Jeden z mechanismů, ve kterém tyto peptidy usmrtí nepřátelské bakterie, je narušení její ochranné membrány pomocí vytvoření póru. Podmínky vedoucí k vytvoření těchto pórů však dodnes nejsou přesně známy. Cílem této práce je zkoumáni vlivu peptidového ohybu na formování membránových pórů. Pomocí počítačových metod bude vypočtena volná energie potřebná k vytvoření póru v přítomnosti helikálních peptidů, které mají nebo naopak nemají ohyb ve své struktuře. V sekvenci takový ohyb může být reprezentován prolinovým nebo glycinovým residuem. Student získá znalosti v oblasti UNIXu, počítačových simulací a molekulového modelování. K výzkumu boudou použity počítačové simulace metodami Monte Carlo nebo Molekulové dynamiky a se zhrubenými modely proteinů. Práce může být vypracována v českém nebo anglickém jazyce.