Diplomová práce

Použití metod pro výpočet volných energií k studiu biomolekulárních procesů

Utilization of Free Energy Calculation Methods in Study of Biomolecular Processes

Bc. Ivo Kabelka, učo 357312
Anotace

Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium dynamiky proteinů, zejména na studium skládání a změn konformace již složených proteinů. Skládání proteinů je životně důležitý proces, během kterého protein zaujme svůj funkční stav. I po správném složení proteinu však může docházet k významným změnám jeho prostorového uspořádání, které mohou dokonce ovlivnit vzájemnou polohu domén proteinu v prostoru …více

Abstract

This diploma thesis is focused on the study of protein dynamics, especially on the protein folding and conformational changes of proteins in already folded state. Folding is a vitally important process during which a protein assumes its intended, functional shape. Once correctly folded, proteins may undergo large conformational changes that can even affect the spatial arrangement of their domains. …více

Klíčová slova
výpočetní chemie molekulová mechanika molekulová dynamika výpočty volných energií dynamika proteinů konformační změny skládání proteinů restrikční endonukleázy BsoBI computational chemistry molecular mechanics molecular dynamics free energy calculations adaptive biasing force metadynamics memory decay metadynamics protein dynamics conformational changes folding restriction endonucleases
Zadání práce
Cílem studenta je seznámit se s moderními metodami vhodných k výpočtům volných energií pomocí metod molekulové dynamiky. Vybranou skupinu metod pak použije k studiu procesů probíhajících ve vybraném biomolekulárním systému.

Pokyny pro vypracování:
1. Vypracování rešerše - metody a studovaný biomolekulární systém
2. Validace vybraných metod vůči známým experimentálním datům
3. Vlastní studium zvoleného biomolekulárního systému

Seznam odborné literatury:
= odborná literatura dle vlastní literární rešerše
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2014 09:52, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
Plný text práce
32,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
19. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D., učo 18512

Konzultant

Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.
abs FI MU, PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.