Diplomová práce

Testování inhibitorů metyltransferázy pomocí počítačových simulací

Testing of methyltranferase inhibitors using computer simulations

Bc. Martin Babáš
Anotace

Předložená diplomová práce se zaobírá testováním inhibitorů methyltransferázy DOT1L. DOT1L se podílí na regulaci genové exprese, jejíž narušení může mít pro organismus závažné následky. V případě MLL typu rakoviny představuje aberantní nábor DOT1L enzymu zásadní krok pro rozvoj leukémie. Inhibitor DOT1L vyvíjený spolupracující výzkumnou skupinou a jeho modifikované verze byly v rámci této práce testovány …více

Abstract

This diploma thesis is focused on methyltransferase DOT1L inhibitors testing. DOT1L plays an important role during the gene expression regulation and its disruption can have a serious impact on the organism. In case of MML type cancer the aberrant recruitment of DOT1L enzyme is a key step for the leukaemia development. The inhibitor and its modified versions, synthetized by cooperating research group …více

Klíčová slova
výpočetní chemie molekulová mechanika výpočty volných energií termodynamická integrace methyltransferázy optimalizace struktury inhibitoru DOT1L computational chemistry molecular mechanics free energy calculations thermodynamic integration methyltransferases inhibitor structure optimisation
Zadání práce
Metyltransferázy katalyzují methylaci histonů a proteinů a hrají zásadní roli v mnoha biologických procesech. Metylace histonu reguluje expresi genů a bylo ukázáno, že nesprávné metylace souvisí se vznikem a rozvojem několika typů rakovin. Metyltransferázy tak představují důležitý cíl pro selektivní zabíjení buněk leukemie a lymfomu. V tomto projektu student bude navrhovat nové inhibitory a počítat jejich afinitu k specifické metyltrasferáze. Výhodné inhibitory budou následně experimentálně oveřovány skupinymi spolupracujícími na tomto projektu. Simulace budou prováděny na superpočítačích v prostředí Linuxu, jehož znalost je tak výhodou, ale ne nutnou podmínkou. Předpokládá se schopnost porozumět anglickému textu, dobrý vztah k výpočetní technice a učení se nových programů. Student získá znalosti v oblasti Linuxu, počítačových simulací a molekulového modelování. Pokyny pro vypracování: 1. Vypracování literární rešerše ke zvolené problematice 2. Příprava systémů pro simulace 3. Provedení simulací a jejich vyhodnocení
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 6. 2020 06:39, RNDr. Mgr. et Mgr. Arnošt Mládek, Ph.D.
Plný text práce
4,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
29. 6. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Mgr. et Mgr. Arnošt Mládek, Ph.D.
RoVa CSB CEITEC MU

Oponenti

Mgr. Iva Procházková, Ph.D., učo 151105
abs PřF MU
Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D., učo 18512
ÚFKL Fyz PřF MU

Konzultanti

Mgr. Miroslav Jurásek, Ph.D., učo 324029
ÚBioch Chem PřF MU
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD., učo 115936
ÚFKL Fyz PřF MU

Literatura

  • Free energy calculations : theory and applications in chemistry a biology. Edited by Christophe Chipot - Andrew Pohorille. Berlin: Springer, 2007, xviii, 517. ISBN 9783540384472.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.