Diplomová práce

Struktura nukleových kyselin a jejich analogů

Architectonics of Nucleic Acids and their Derivatives

Bc. Michal Růžička
Anotace

Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium samoskladby RNA a DNA molekul pomocí molekulového modelování. Samoskladba RNA a DNA může být využita na přípravu rozmanitých nanostruktur, které mohou mít zajímavé strukturní a mechanické vlastnosti. Mohou být taktéž využity při léčbě různých onemocnění. V této práci jsme vytvořili dva atomistické modely motivu dvojitého překřížení (DX motiv), jeden …více

Abstract

This diploma thesis is focused on the study of self assembly of RNA and DNA molecules employing molecular modelling. These processes can be used for preparation of various nanostructures, which might have interesting structural and mechanical properties or can be employed in a biological treatment. In this work, we built up atomistic models of double crossover (DX) motif with both RNA-DNA hybrid duplexes …více

Klíčová slova
výpočetní chemie molekulové modelování molekulová mechanika molekulová dynamika nukleové kyseliny DNA RNA Hollidayův spoj nanotechnologie computational chemistry molecular modelling molecular mechanics molecular dynamics adaptive biasing force nucleic acids Holliday junction self-assembly nanotechnology
Zadání práce
Cílem studenta bude pomocí metod molekulové mechaniky a dynamiky studovat strukturu a dynamické vlastnosti vybraných strukturních motivů nukleových kyselin a jejich derivátů, převážně morfolinového typu. U molekul, pro které neexistují vhodné parametry pro molekulovou mechaniku, provede parametrizaci vůči vlastnostem získaných kvantově chemickými výpočty. Získané výsledky bude kriticky dávat do souvislosti s existujícími biochemickými a biologickými experimentálními daty.

Pokyny pro vypracování:
1. Vypracování literární rešerše
2. Příprava jednotlivých modelů vybraných strukturních motivů
3. Parametrizace derivátů nukleových kyselin
3. Studium vlastností modelů pomocí molekulové dynamiky
4. Srovnání vlastností modelů s experimentálními daty

Seznam odborné literatury:
= odborná literatura dle vlastní literární rešerše
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2016 15:05, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
Plný text práce
4,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
16. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D., učo 18512

Konzultant

Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
LGen CMM CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.