Bakalářská práce

Nástroje pro analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací

Tools for Analaysis of Molecular Dynamics Trajectories

Viktor Illík
Anotace

Táto bakalárska práca je zameraná na vývoj nových nástrojov na analýzu trajektórií MD simulácií balíkom programov CATs. V práci bol kladený dôraz na výpočet a analýzu molekulových povrchov SASA a SESA a na histogramovú štatistiku.

Abstract

This thesis is focused on implementation of new tools for analysis of trajectories of MD simulations using package of CATs programs. This study was carried out with an emphasis on calculations and analysis of molecular surfaces SASA and SESA and histogram statistics.

Klíčová slova
molekulární povrch MSMS SASA SESA nukleové kyseliny nukleotid molekulové modelování molekulová dynamika Amber trajektorie CATs histogram JavaScript C++ molekulový povrch molekulové modelovanie trajektória molecular surface nucleic acids nucleotide molecular modelling molecular dynamics trajectory
Zadání práce
Cílem práce bude navrhnout, implementovat a otestovat nové metody analýzy molekulárně dynamických simulací do prostředí interpretu CATs. Student se zaměří převážně na analýzu strukturních vlastností nukleových kyselin a proteinů.

Pokyny pro vypracování:
1. Vypracování literární rešerše ke zvolené problematice
2. Analýza požadavků na analýzu a návrh implementace
3. Vlastní implementace
4. Testovaní implementovaných nástrojů na vybraných trajektoriích

Seznam odborné literatury:
= odborná literatura dle vlastní literární rešerše
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2016 14:35, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
Plný text práce
9,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
15. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D.

Konzultant

Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.
abs FI MU, PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.