Diplomová práce

Studium komplexů proteinů metodami molekulového modelování

Study of protein complexes using molecular modeling methods

Bc. Veronika Lásková
Anotace

Proteinový komplex SMC5/6 je důležitý při opravě poškozené DNA. Je konzervován u všech eukaryot. Dvě z jeho podjednotek jsou proteiny SMC6 a Nse4. Cílem této diplomové práce bylo studium proteinového komplexu SMC6/Nse4 za pomocí metod molekulového modelování a následně ověření použitelnosti modelu s implicitním solventem pro studium komplexů proteinů. Pro studium komplexu SMC6/Nse4 byly použity tři …více

Abstract

The SMC5/6 protein complex is important for the repair of damaged DNA. It is conserved in all eukaryota. Two of its subunits are the proteins SMC6 and Nse4. The aim of this thesis was to study the SMC6/Nse4 protein complex using molecular modelling methods and to verify the possibility of using a model with implicit solvent for studying protein complexes. Three models of the SMC6/Nse4 complex were …více

Klíčová slova
SMC6 Nse4 molekulové modelování molekulová dynamika molekulová mechanika molecular modelling molecular dynamics molecular mechanics
Zadání práce
Zásady pro vypracování: 1. Proveďte literární rešerši na téma proteiny SMC a Nse a jejich komplexy. 2. Proveďte MD simulace modelu proteinu SMC6 a proteinu Nse4 a modelu jejich komplexu v explicitním typu solventu. Dále proveďte simulaci modelu komplexu SMC6 a Nse4 v implicitním typu solventu. 3. Proveďte analýzu získaných trajektorií z hlediska stability simulací, stability sekundárních struktur a možných vnitřních vodíkových vazeb. V modelech komplexu porovnejte velikost interakčních ploch. 4. Porovnejte výsledky jednotlivých simulací ve vztahu k datům získaných z literatury.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
13. 5. 2016 08:05, Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
Plný text práce
7,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
NCBR PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat., učo 38623
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.