Diplomová práce

Studium rozhraní mezi proteiny a nukleovými kyselinami pomocí QM/MM metody

Studies of interfaces between proteins and nucleic acids using the QM/MM method

Bc. Pavlína Pokorná
Anotace

Interakce proteinů s RNA jsou klíčové pro všechny fáze genové exprese a jejich regulaci. Strukturní dynamiku protein-RNA komplexů na atomární úrovni lze studovat výpočetní metodou molekulárně dynamických (MD) simulací. Nicméně díky zjednodušením použitým v molekulárně-mechanickém (MM) silovém poli, které popisuje molekulové interakce v MD, není popis simulovaných systémů vždy spolehlivý. Cílem této …více

Abstract

Interactions of proteins with RNA play key roles in all stages of gene expression and its regulation. Structural dynamics of protein-RNA complexes can be studied on the atomic level with the computational method of molecular dynamics (MD) simulations. However, due to the approximations used in the molecular mechanics (MM) force field, which describes molecular interactions in MD, the description of …více

Klíčová slova
protein-RNA QM/MM molekulová mechanika silové pole molekulová dynamika HutP komplex U1A komplex molecular mechanics force field molecular dynamics HutP complex U1A complex
Zadání práce
Metoda molekulárně dynamických (MD) simulací je rutinně používána pro studium biomolekul, včetně komplexů proteinů s RNA. Nicméně dostatečně přesný popis těchto komplexů metodou MD není vždy zaručen. Tato diplomová práce se bude zabývat aplikací přesnější hybridní metody QM/MM pro studium rozhraní mezi proteiny a RNA a potenciálním využitím této metody k detekci příčin nepřesností objevujících se v MD simulacích protein-RNA komplexů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
29. 5. 2018 22:45, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc., učo 28764
Plný text práce
20 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
22. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc., učo 28764
NCBR PřF MU

Oponenti

doc. Mgr. Pavel Banáš, Ph.D.
Katedra fyzikální chemie, Univerzita Palackého Olomouc
Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultanti

RNDr. Miroslav Krepl, Ph.D., učo 324182
ext ÚChem Chem PřF MU
Holger Kruse
Katedra fyzikální chemie, Univerzita Palackého Olomouc
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.