Bakalářská práce

Mechanické vlastnosti biomolekul

Mechanical Properties of Biomolecules

Ivo Durník
Anotace

Bakalářská práce studuje mechanické vlastnosti DNA a jejich ovlivnění přítomností nekanonického páru bází, který se může ve struktuře objevit v důsledku chybné replikace DNA. Výsledky mohou být důležité pro pochopení mechanismu opravy DNA a v práci jsou vztahovány na mechanismus rozpoznání chyby lidským reparačním enzymem MutSα. Studium je provedeno za pomoci metod výpočetní chemie, a to molekulové …více

Abstract

This bachelor thesis studies mechanical properties of DNA and how these properties are altered by non-canonical base pairs, which can occur in the structure by erroneous replication of DNA. Results might be important for understanding of mechanism of DNA repair machinery and in this work they are related to mismatch recognition by human form of the MutSα enzyme. The study employs computational chemistry …více

Klíčová slova
postreplikativní reparace DNA MMR MutSα ohyb DNA párování bází výpočetní chemie molekulová mechanika molekulová dynamika kolektivní proměnná US WHAM ABF postreplicative mismatch repair DNA bending base pairing computational chemistry molecular mechanics molecular dynamics colective variable
Zadání práce
Cílem práce bude navrhnout, implementovat a otestovat geometrické deskriptory popisující mechanickou deformaci vybrané skupiny molekul. K charakterizaci mechanických vlastností budou použity molekulárně dynamické simulace spolu s vhodnými metodami výpočtů volných deformačních energií. Získané výsledky budou konfrontovány s biologickou funkcí zvolené skupiny biomolekul.

Pokyny pro vypracování:
1. Vypracování literární rešerše ke zvolené problematice
2. Příprava systémů pro simulace
3. Provedení simulací a jejich vyhodnocení

Seznam odborné literatury:
= odborná literatura dle vlastní literární rešerše
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2016 14:23, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
Plný text práce
5,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
15. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D., učo 18512

Konzultant

Mgr. Kamila Réblová, Ph.D., učo 11846
LGen CMM CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.