Diplomová práce

Vliv sekvence transmembránových domén na průchod peptidů přes membrány

Influence of various transmembrane domains on peptide translocation across membranes

Bc. Ladislav Bartoš, učo 461001
Anotace

V této diplomové práci pomocí počítačových simulací s využitím hrubozrnných modelů studujeme usnadněný průchod amfifilních peptidů skrz biologické membrány. Nejprve odhalujeme vliv α-helikálních transmembránových peptidů nebo proteinových domén s různými vlastnostmi na průchod peptidů přes biologické membrány. Poté navazujeme studiem kooperativního průchodu dvou peptidů. Naše výsledky značí, že transmembránové …více

Abstract

In this diploma thesis, we study the facilitated translocation of amphiphilic peptides across biological membranes using computer simulations with coarse-grained models. First, we unravel the effect of α-helical transmembrane peptides or protein domains with various properties on the peptide translocation across the biological membranes. We follow up with a study of cooperative translocation of two …více

Klíčová slova
antimikrobiální peptidy antimicrobial peptides peptidy penetrující buněčné membrány cell-penetrating peptides buněčná membrána cell membrane translokace translocation transmembránové proteiny transmembrane proteins scramblasy scramblases molekulová dynamika molecular dynamics Monte Carlo umbrella sampling Wangova-Landauova metoda Wang-Landau method volná energie free energy
Zadání práce
Buňky jsou chráněny polopropustnou membránou, která má zásadní roli při kontrole průchodu látek do buněk. Některé peptidy jsou ale schopné přes tuto ochrannou vrstvu procházet nekontrolovaně a fungovat jako toxiny nebo nosiče léčiv. Bohužel není známo, jaké vlastnosti a sekvenci by peptid měl mít k efektivnímu průchodu přes membránu. Navíc jsme nedávno ukázali, že přítomnost transmembránových proteinů/peptidů může ovlivnit průchod jiných peptidů. Cílem této práce je na molekulové úrovni studovat vliv několika specifických sekvencí transmembránových proteinů/peptidů na průchod několika konkrétních peptidů přes membránu. Hlavním nástrojem práce budou počítačové simulace s využitím pokročilých vzorkovacích technik molekulové dynamiky za účelem vypočítat profil volné energie studovaného procesu.

Pokyny pro vypracování:
  1. Vypracování literární rešerše ke zvolené problematice
  2. Příprava systémů pro simulace
  3. Provedení simulací a jejich vyhodnocení
  4. Sepsání práce
Práce může být vypracována v českém nebo anglickém jazyce.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
2. 6. 2021 08:11, prof. RNDr. Robert Vácha, PhD., učo 115936
Plný text práce
2,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 6. 2021
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD., učo 115936
NCBR PřF MU

Oponent

Hector Martinez-Seara Monne
Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences Flemingovo náměstí 542/2 160 00 Praha 6

Konzultant

Mgr. Ivo Kabelka, Ph.D., učo 357312
RoVa CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomolekulární chemie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.