Diplomová práce

Metody aproximativní identifikace vlastností booleovských sítí

Methods for approximative identification of Boolean networks

RNDr. Jaroslav Bayer, učo 72873
Anotace

Základním tématem diplomové práce je studium přístupů umožňujících aproximativní odhad vlastností genových regulačních sítí (GRN) modelovaných pomocí booleovských sítí (BN) či jejich generalizovaných podob, např. tzv. Thomasových sítí (TN). Cílem byla rešerše možných přístupů, a to zejména z oblasti metod strojového učení aplikovaných na topologii studovaných sítí. Tyto metody umožňují rychle a efektivně …více

Abstract

The main goal of the diploma thesis is to study approximate techniques how to identify features of gene regulatory networks (GRN). The models are usually based on boolean networks (BN) or one of the generalized forms, e. g. Thomas networks (TN). The task was to research effective approaches mainly from the field of machine learning techniques applied on the network topology. The main idea is to quickly …více

Klíčová slova
Booleovské sítě Thomasovy sítě GRN strojové učení identifikace vzorů v topologii sítě
Zadání práce

Předmětem diplomové práce je studium přístupů umožňujících aproximativní odhad vlastností genových regulačních sítí (GRN) modelovaných pomocí booleovských sítí (BN) či jejich generalizovaných podob, např. tzv. Thomasových sítí (TN).

Student se stručně seznámí s problematikou modelování GRN pomocí BN/TN a možnostmi formální verifikace temporálních vlastností těchto sítí. Dále student sestaví rešerši přístupů aproximativní detekce těchto vlastností s důrazem na využití struktury sítě. Speciální pozornost student věnuje možnostem využití přístupů strojového učení. Cílem této části práce je získat ucelený přehled potenciálních cest vedoucích k prakticky využitelné detekci zajímavých vlastností regulačních sítí s netriviální přesností bez nutnosti výpočetně náročné formální verifikace. V další části student dle pokynu a diskuze s vedoucím práce hlouběji analyzuje vybrané přístupy.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 1. 2018 13:43, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Plný text práce
1,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
5. 2. 2018
Práce nebyla obhájena
Student v rámci svého studia diplomovou práci obhájil 21. 6. 2018.

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927
KVI FI MU

Literatura

  • BARNAT, Jiří; Luboš BRIM; Adam KREJČÍ; Adam STRECK; David ŠAFRÁNEK; Martin VEJNÁR a Tomáš VEJPUSTEK. On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2012, roč. 9, č. 3, s. 693-705. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/TCBB.2011.110.
  • KLARNER, Hannes; Adam STRECK; David ŠAFRÁNEK; Juraj KOLČÁK a Heike SIEBERT. Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks. In Computational Methods in Systems Biology: 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Proceedings. Berlin: Springer, 2012, s. 207-226. ISBN 978-3-642-33635-5. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-642-33636-2_13.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.