Diplomová práce

Biofyzikální studium interakce cisplatinovaných oligonukleotidů s proteinem MutS

Biophysical study of the interaction of the cislatinated oligonucleotides with a protein MutS

Bc. Veronika Šubertová, učo 211287
Anotace

Tato diplomová práce se zabývá studiem cisplatinovaných oligonukleotidů a přípravou proteinu MutS bakterie Escherichia Coli. Navázání cisplatiny na DNA bylo studováno biofyzikálními technikami, jako jsou nukleární magnetická rezonance, elektroforéza, vysokoúčinná kapalinová chromatografie a fluorescenční rezonanční přenos energie. V závěru práce je navrhnut model, který znázorňuje interakci proteinu MutS s cisplatinovaným oligonukleotidem.

Abstract

This master's thesis deals with the study of cisplatinated oligonucleotides and the preparation of protein MutS. The cisplatin binding to DNA was studied by biophysical methods, such as nuclear magnetic resonance, electrophoresis , high-performance liquid chromatography and fluorescence resonance energy transfer. A model of protein MutS is designed at the end of this work, which illustrates an interaction …více

Klíčová slova
Cisplatina oligonukleotid protein MutS elektroforéza nukleární magnetická rezonance fluorescenční rezonanční přenos energie vysokoúčinná kapalinová chromatografie Cisplatin oligonucleotide electrophoresis nuclear magnetic resonance fluorescence resonance energy transfer high performance liquid chromatography
Zadání práce
Cílem diplomové práce je studium cisplatinovaného DNA oligomeru pomocí různých biofyzikálních metod (zejména nukleární magnetická rezonance - NMR, fluorescenční rezonanční transfer - FRET, gelová elektroforéza a optické techniky - UV/Vis) za účelem získání strukturně biologických informací jak samotného cisplatinovaného mismatchovaného DNA oligomeru, tak v komplexu s proteinem MutS.

Součástí diplomové práce bude rozsáhlá literární rešerše, příprava vzorků, aplikace výše uvedených metod a prezentace výsledků na mezinárodních sympoziích.

Literatura:

  • Lopez-Crapez E, Malinge JM, Gatchitch F, Casano L, Langlois T, Pugnière M, Roquet F, Mathis G, Bazin H: A homogeneous resonance energy transfer-based assay to monitor MutS/DNA interactions. Anal Biochem. 2008, 383(2):301-6
  • Sedletska Y, Fourrier L, Malinge JM: Modulation of MutS ATP-dependent functional activities by DNA containing a cisplatin compound lesion (base damage and mismatch). J Mol Biol. 2007, 369(1):27-40.
  • Lamers MH, Perrakis A, Enzlin ,JH, Winterwerp HHK, de Wind N, Sixma TK: The crystal structure of DNA MMR protein MutS binding to a G/T mismatch. Nature 2000, 407, 711–717.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2011 11:11, doc. Mgr. Karel Kubíček, Ph.D., učo 20563
Plný text práce
3,5 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
10. 6. 2011
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Karel Kubíček, Ph.D., učo 20563
ÚFKL Fyz PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Fyzika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.