Bachelor's thesis
Awards: Dean's Award for an Outstanding Final Thesis

Interpretation techniques for deep neural networks in digital histopathology

Martin Krebs, UČO 514407
Abstract

Skupina RationAI natrénovala konvolučnú neurónovú sieť, ktorá predpovedá výskyt rakoviny prostaty v digitálnych snímkach tkaniva. Naším cieľom je vedieť dostatočne rýchlo vysvetliť správanie tejto siete. Preskúmame niekoľko metód, ktoré produkujú vizuálne podobné výsledky ako súčasná, pomalá metóda Oklúzie. Aby sme zaistili kvalitu testovaných metód, nastavíme a vyhodnotíme 5 kvantitatívnych metrík …more

Abstract

RationAI group trained a convolutional neural network model that can reliably predict the presence of prostate cancer in digitized tissue samples. Our goal is to find an explainability method to help us understand those predictions in a reasonable time. We review several popular explainability methods that produce visually similar results to the current, notably slow solution based on Occlusion. To …more

Thesis description
The explainability of neural networks used in domains like medicine is crucial for building trust, ensuring accuracy, uncovering insights, and meeting regulatory needs. It enables healthcare professionals to understand and validate AI decisions, leading to safer and more effective care. The thesis aims to identify, implement and evaluate explainability methods for an existing VGG-16-based neural network trained on histopathological images, focusing on their computational performance. The student will familiarise themself and present existing explainability methods and metrics commonly used for their evaluation. They will discuss and select suitable methods and design, perform and assess the comparative test. As a baseline, the occlusion-based saliency producing semantically valid explanations but being notably slow will be used. The student will optionally contribute the code to HistoPipe, the RationAI open-source library for digital histopathology.
The thesis has been checked:
24/5/2024 09:20, RNDr. Vít Musil, Ph.D., UČO 246021
Language used
English English
Defence date
24/6/2024
The thesis was defended successfully

Supervisor

RNDr. Vít Musil, Ph.D., UČO 246021
KTP FI MU

Reader

Anselm Paulus
Max Planck Institute for Intelligent Systems

Consultant

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, UČO 4074
KSUZD FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.