Bakalářská práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Užití kontejnerových orchestračních nástrojů v prostředí pro analýzu vzorků tkání

Leveraging container orchestration tools in tissue sample analysis environment

Ľuboslav Pivarč
Anotace

Bakalárska práca sa zaoberá implementáciou API pre poskytovanie inštancií softvéru cBioPortal, ktorý slúži pre vizualizáciu dát získaných z PDX modelov. Používateľom softvér umožňuje analyzovať vybrané dátové sety PDX modelov, ktoré sa nachádzajú na EurOPDX Data Portali. Pre automatizáciu spustenia a správu inštancií bol využitý orchestračný nástroj Kubernetes a do riešenia bola integrovaná autentifikačná …více

Abstract

The bachelor thesis is focused on implementation of API for providing instances of cBioPortal, which is used for vizualization of data obtained from PDX models. The software allows users to analyze selected PDX model data sets that are located on the EurOPDX Data Portal. The Kubernetes orchestration tool was used to automate the launch and management of instances, and the ELIXIR AAI authentication …více

Klíčová slova
REST API Kubernetes Spring boot PDX model ELIXIR AAI Docker integrácia distribuovaný systém klaster
Zadání práce
V projektu EDIReX vyvíjíme prostředí pro prohledávání databáze vzorků nádorových tkání a vizualizaci souvisejících dat. Jednou z komponent je také webové rozhraní cBioPortal. Narozdíl od běžné práce s tímto softwarem startujeme jeho instance dynamicky na požadavek uživatele, a plníme je vybranou datovou sadou na základě předchozího dotazu v jiném rozhraní.

Cílem práce je na základě analýzy prototypu navrhnout vhodné API pro předání datové sady a start instance cBioPortalu a jejich následnou správu, zhodnotit možnosti implementace s použitím orchestračních nástrojů Docker Swarm a Kubernetes (případně s nadstavbou OpenShift), a s vybraným nástrojem funkcionalitu implementovat.

Důraz bude kladen především na robustnost řešení, vzájemnou izolaci uživatelů a uživatelský komfort, tj. především rychlost odezvy stěžejních operací.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
27. 5. 2019 10:58, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
Plný text práce
670,9 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
28. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
OProj ÚVT MU

Oponent

Mgr. Tomáš Sapák
DITI ÚVT MU

Konzultanti

Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D., učo 211728
DITI ÚVT MU
Mgr. Radim Peša, učo 2780
DITI ÚVT MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.