Diplomová práce

Molekulární genetika acidofilních bakterií oxidující síru a železo

The molecular genetics of sulfur- and iron-oxidizing acidophiles

Bc. Martin Gajdošík
Anotace

Tato diplomová práce se věnuje studiu genomu acidofilní sirné bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans. Použitím sekvenování nové generace byla získána kompletní chromozomální sekvence lokálního kmene A. ferrooxidans CCM 4253, která byla využita pro komparativní genomovou analýzu mezi kmeny ATCC 23270T a ATCC 53993. Porovnáním třech kompletních chromozomálních sekvencí bylo objeveno 8 dosud nepopsaných …více

Abstract

This diploma thesis deals with the study of the genome of acidophilic sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans. Using the next-generation sequencing, the complete chromosomal sequence of a local strain A. ferrooxidans CCM 4253 has been obtained. This sequence has been used for comparative genome analysis between strains ATCC 23270T and ATCC 53993. By comparing three complete chromosomal sequences …více

Klíčová slova
acidofilové Acidithiobacillus ferrooxidans genomické ostrovy inzerční sekvence sekvenování nové generace komparativní genomová analýza plazmid acidophiles genomic islands insertion sequence next-generation DNA sequencing comparative genome analysis plasmid
Zadání práce
Acidithiobacillus ferrooxidans kmen CCM 4253 byl izolován z kyselých důlních průsaků ve Zlatých Horách v České republice. Za laboratorních podmínek se tento kmen typicky kultivuje na elementární síře nebo železe. Účinná bakteriální adaptace na tyto substráty je nezbytná při oxidaci kovových sulfidů v environmentálních i biotechnologických procesech. Cílem práce je použití pokročilé sekvenační technologie ke sledování potenciálních reverzibilním a ireverzibilním mutací DNA u kultur s nestandardním fenotypem a případně se pokusit pomocí molekulárně biologických metod zjistit za jakých podmínek k těmto mutacím dochází. Formální vypracování diplomové práce se bude řídit oficiálními pokyny PřF MU. Doporučená literatura: Rawlings DE, Kusano T. Molecular genetics of Thiobacillus ferrooxidans. Microbiol Rev 1994;58:39–55.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
14. 5. 2019 20:17, Mgr. Jiří Kučera, Ph.D., učo 67570
Plný text práce
4,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
4. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Oldřich Janiczek, CSc.
ÚBioch Chem PřF MU
Mgr. Jiří Kučera, Ph.D., učo 67570
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Mgr. Vojtěch Sedláček, Ph.D., učo 21931

Konzultant

doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D., učo 13418
ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.