Diplomová práce

Využití sekvenační platformy Oxford Nanopore pro detekci modifikovaných bází v genomu stafylokoků a jejich bakteriofágů

Use of the Oxford Nanopore sequencing platform to detect modified bases in genomes of staphylococci and their bacteriophages

Bc. Anna Punčochářová, učo 509204
Anotace

DNA methylace představuje jeden z klíčových epigenetických mechanismů, který se u bakterií i bakteriofágů podílí na regulaci interakcí, zejména v kontextu restrikčně modifikačních systémů, ochrany genomu a průběhu infekce. Přestože jsou methylace bakteriální DNA relativně dobře popsány, poznání epigenomiky bakteriofágů zůstává omezené, a to zejména z důvodu technologických a metodických limitů. Rozvoj …více

Abstract

DNA methylation is one of the key epigenetic mechanisms that regulates interactions in both bacteria and bacteriophages, particularly in the context of restriction modification systems, genome protection, and infection. Although bacterial DNA methylation is relatively well defined, the knowledge of bacteriophage epigenomics remains limited, mainly due to technological and methodological limitations …více

Klíčová slova
Methylace Bakteriofágy Oxford Nanopore sekvenování Methylační profil Bakterie Plazmid Methylation Bacteriophages Oxford Nanopore sequencing Methylation profile Bacteria Plasmid
Zadání práce
Využívání modifikovaných bází je významnou obrannou strategií bakteriálních virů (bakteriofágů), ale i jejich hostitelů. Významným problémem studia epigenomu byla dosud samotná detekce těchto modifikací, avšak sekvenování třetí generace využívající nanopóry již umožňuje detekci modifikací DNA i RNA v reálném čase. Díky neustálému trénování detekčních algoritmů se významně rozšiřuje i spektrum modifikací, které lze rozlišit.
Diplomová práce se zaměří na detekci a charakterizaci modifikovaných bází v genomu stafylokokových fágů, plazmidů i samotných kmenů.
Student optimalizuje využití specializovaných programů a vytvoří pracovní postup pro zpracování sekvenačních dat pro potřebu analýzy epigenomu, případně modifikací transkriptomu.
Doporučená literatura: Nanopore Sequencing: Methods and Protocols. (2023). Německo: SPRINGER-VERLAG NEW YORK. ISBN:9781071629963
White LK, Hesselberth JR. Modification mapping by nanopore sequencing. Front Genet. 2022 Oct 28;13:1037134. doi: 10.3389/fgene.2022.1037134.
Yuen ZW, Srivastava A, Daniel R, McNevin D, Jack C, Eyras E. Systematic benchmarking of tools for CpG methylation detection from nanopore sequencing. Nat Commun. 2021 Jun 8;12(1):3438. doi: 10.1038/s41467-021-23778-6.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
7. 1. 2026 13:56, Mgr. Tibor Botka, Ph.D., učo 177238
Plný text práce
20 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
28. 1. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Tibor Botka, Ph.D., učo 177238
Genet ÚEB Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D., učo 356955
MicroBiom CentLab RECETOX PřF MU

Konzultant

Mgr. Ing. Eliška Figallová, učo 474355
Genet ÚEB Biol PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.