Bakalářská práce

Modul Analýzy Modelů pro Platformu CMP

Analysis Module for the Comprehensive Modelling Platform

Radoslav Doktor
Anotace

Cieľom tejto bakalárskej práce je navrhnúť Modul analýz pre univerzálnu platformu CMP, ktorý bude transparentne podporovať napájanie analyzačných nástrojov tretích strán. Po analyzovaní pôvodnej inštancie CMP, e-cyanobacterium.org, boli stanovené požiadavky pre~Modul analýz, ktoré by mala spĺňať nová architektúra CMP. Podľa vybraného štandardu systémovej biológie bola rozšírená databáza a k nej príslušná …více

Abstract

The goal of this bachelor thesis is to propose and implement new Module of model analysis for universal Comprehensive Modelling Platform (CMP), which would support a transparent addition of third-party analytic tools. In the theoretical part, the original CMP instance, e-cyanobacterium.org is studied and analyzed. In consequence, new requirements for Module of model analysis are specified. Systems …více

Klíčová slova
CMP modely simulácie analýzy systémová biológia e-cyanobacterium
Zadání práce

Tématem práce je rozšíření webové platformy CMP (Comprehensive Modelling Platform) pro modelování, anotaci a analýzu biologických systémů o univerzální aplikační modul, který umožní transparentní napojení analyzačních nástrojů třetích stran.

Cílem práce je v teoretické části provést rešerši aktuálního stavu platformy, vymezit požadavky na funkčnost analyzačního modulu, a v návaznosti reallizovat průzkum existujících technologií (SBML, SBRML, apod.) V rámci deklarace funkčních požadavků student vymezí prostor podporovaných typů analýz.

Praktickým cílem je navrhnout a implementovat modul, který bude vyhovovat vymezeným funkčním požadavkům. Součástí implementace bude adekvátní rozšíření existující MySQL databáze, související nízkoúrovňové API zahrnující operace nad databází, a dále vysokoúrovňové API umožňujíci využití modulu vyššími aplikačními vrstvami platformy. Primárním jazykem implementace bude PHP.

Za účelem otestování modulu student vybere vhodné analyzační nástroje, na nichž demonstruje funkčnost.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
30. 5. 2019 11:54, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Plný text práce
518,3 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
24. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

Bc. Marek Havlík
KSUZD FI MU

Literatura

  • TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Jakub HRABEC; Jakub ŠALAGOVIČ; Františka ROMANOVSKÁ a Jan ČERVENÝ. E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. In Ezio Bartocci et al. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. Heidelberg: Springer, 2016, s. 316-322. ISBN 978-3-319-45176-3. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_20.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.