Diplomová práce

In silico studium pohlavně vázaných genů pomocí bioinformatických přístupů

In silico study of sex linked genes by bioinformatic approaches

Bc. Natália Langová
Anotace

Cílem této práce je analýza sekvenčních dat u šťovíku (Rumex acetosa) a chmele (Humulus lupulus) a identifikace jejich pohlavně vázaných genů. Pro tento účel byly použity programy LinkYX a Sex-DETector, které úspěšně identifikovaly potenciální pohlavně vázané geny. Výsledky byly následně anotovány pomocí programu BLAST a byly identifikovány jejich homology. Následně bylo vybráno několik kandidátních …více

Abstract

The aim of this thesis is the analysis of sequencing data in a sorrel (Rumex acetosa) and a hop (Humulus lupulus) and identifying their sex-linked genes. Programs LinkYX and Sex-DETector were used for this purpose successfully identifying potential sex-linked genes. Results were subsequently annotated using BLAST and their homologs were identified. Subsequently several candidates were selected to be …více

Klíčová slova
Šťovík kyselý Rumex acetosa Chmel otáčivý Humulus lupulus pohlavně vázané geny pohlaví pohlavní chromozomy NGS LinkYX Sex-DETector X chromozom Y chromozom BLAST Gelová elektroforéza
Zadání práce
Dvoudomé rostliny, zejména šťovík a chmel, představují unikátní modelový organismus pro studium evoluce pohlavních chromozomů a pohlavně specifické exprese genů. Ačkoli jsou tyto rostliny intenzivně studovány, pohlavně specifických genů bylo u zmíněných druhů dosud popsáno velmi málo. Cílem této práce by měla být identifikace a charakterizace pohlavně specifických genů u rostlin rodu Rumex a Humulus na základě zpracování a analýzy transkripčních a genomických dat pomocí bioinformatických přístupů. Poznání těchto „nových“ pohlavně specifických genů, by mohlo vést k popsání dosud neznámých drah v determinaci a určování pohlaví studovaných druhů. Diplomová práce bude řešena na Biofyzikálním ústavu AV ČR, v.v.i. v Brně na Oddělení vývojové genetiky rostlin.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
12. 8. 2020 22:07, Ing. Radim Čegan, Ph.D., učo 454052
Plný text práce
2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
7. 9. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Ing. Radim Čegan, Ph.D., učo 454052

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.