Rigorózní práce

Modeling transport processes of small molecules through tunnels in proteins

Mgr. Petra Němcová, učo 423909
Anotace

Studium transportních jevů v proteinech je důležitou součástí studia proteinů obecně. Schopnost ligandů projít proteinovým tunelem až k aktivnímu místu rozhoduje, zda bude protein s ligandem interagovat, což je důležité např. pro design léčiv či enzymové inženýrství. Sledování těchto procesů v laboratorních podmínkách je možné jenom pro úzkou skupinu proteinů. Proto je vhodné použít počítačové simulace …více

Abstract

The study of transport processes in proteins is an important part of the study of proteins in general. The ability of ligands to pass through the protein tunnel to the active site determines whether the protein will interact with the ligand, which is important, for example, for drug design or enzyme engineering. Monitoring these processes in laboratory conditions is only possible for a limited group …více

Klíčová slova
CaverDock Amber molecular docking molekulový docking tunnel analysis ligand transport drug design numerical optimization restrained force field flexible receptor
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
12. 3. 2022 10:23, prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., učo 1904
Plný text práce
2,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 5. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Oponenti

prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
ext ÚBioch Chem PřF MU, Univerzita Palackého v Olomouci
doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.