Diplomová práce

Analýza a vizualizace výpočtů v nástroji Galaxy

Analysis and visualisation of Galaxy workflows accross the Europe

Bc. Tomáš Vondrák
Anotace

Nástroj Galaxy poskytuje uživatelům možnost počítat složité výpočty nad jejich rozsáhlými daty v cloudovém prostředí, spojovat vhodné nástroje do složitých kompozic a tyto pracovní postupy následně sdílet s kýmkoliv na světě. To vše za použití připojených výkonných národních výpočetních infrastruktur. Spolu s rozšířením nástroje Galaxy o Pulsar rozhraní se systém zkomplikoval a pro nové uživatele i …více

Abstract

Galaxy provides users with the ability to compute complex calculations over their large-scale data in the cloud, combine appropriate tools into complex compositions, and then share these workflows with anyone in the world. All this using connected powerful national computing infrastructures. With the addition of the Pulsar interface into the Galaxy tool, the system has become more complex and it can …více

Klíčová slova
Galaxy cloudové výpočty vizualizace mapová aplikace HPC výpočty webová aplikace automatizace abstrakce kontejnery plánování
Zadání práce
Cílem práce je navržení systému pro vizualizaci a analýzu stavu výpočtů v nástroji Galaxy. Úkolem studenta bude navrhnout a po odsouhlasení vedoucím práce i implementovat službu, která bude technicky připravena ke sběru a vizualizaci dat o průběhu a stavu výpočtů na evropských instancích nástroje Galaxy, včetně evropské instance usegalaxy.eu a národních serverech usegalaxy.cz apod. Součástí práce bude analýza dostupných možností pro získání nezbytných dat z různých komponent (Galaxy server, Pulsar rozhraní, případně i jednotlivé dávkové systémy), návrh kombinace dat z různých zdrojů, odolnost proti dočasné nedostupnosti zdrojů dat i návrh databáze zohledňující potřebu skladovat data dlouhodobě a v různé úrovni podrobnosti. Práce bude rovněž zahrnovat analýzu a vizualizaci plánování v systému Galaxy, aby pomohla odhalit potenciální problémy v použitých plánovacích strategiích.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2025 09:04, Mgr. Miroslav Ruda, učo 1284
Plný text práce
8,4 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
19. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Miroslav Ruda, učo 1284
AAC RE-infra CERIT-SC ÚVT MU

Oponent

Mgr. Martin Čech, učo 173100
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Principy programovacích jazyků

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.