Bakalářská práce

Identifikace významných genových modulů a genových sad u nádorových mikrobiomových podtypů kolorektálního karcinomu

Identification of significant gene-modules and pathways in tumour microbiome subtypes in colorectal cancer.

Anna Punčochářová, učo 509204
Anotace

Kolorektální karcinom je závažné nádorové onemocnění, které se kvůli své heterogenitě drží na předních příčkách mezi onemocněními s vysokou incidencí i úmrtností jak v České republice, tak i ve světě. Heterogenita tohoto onemocnění ztěžuje léčbu i predikci reakce pacienta na danou léčbu a ve snaze tuto heterogenitu vystihnout se stále publikují další klasifikace zkoumající kolorektální karcinom z různých …více

Abstract

Colorectal cancer is a serious cancer, which, due to its heterogeneity, is one of the leading diseases with high incidence and mortality both in the Czech Republic and worldwide. The heterogeneity of this disease makes it difficult to treat and predict patient response to treatment, and in an attempt to capture this heterogeneity, increasingly more classifications studying colorectal cancer from different …více

Klíčová slova
Kolorektální karcinom Střevní mikrobiom Molekulární podtypy Nádorové mikrobiomové podtypy RNAseq data Regresní analýzy Colorectal cancer Gut microbiome Molecular subtypes Tumor microbiome subtypes RNA-seq data Regression analyses
Zadání práce
V posledních letech se vědci zaměřili na studiumheterogenity kolorektálního karcinomu (KRK), která v roce 2015 vyústila v objevení existence konsenzuálních molekulárních podtypů KRK. Tato stratifikace pacientů se však ukazuje jako nedostatečná a jen nepatrně se zlepšila prognóza pacientů a schopnost predikce odpovědi daného pacienta na léčbu. V roce 2021 naše skupina opublikovala nové nádorové mikrobiomové podtypy (TMS) KRK na základě dat ze stěrů z nádorové tkáně.

Cílem této práce je asociovat genovou expresi z transcriptomických dat s nádorovými mikrobiálními podtypy. Student/ka bude mít k dispozici data pacientů léčených na Masarykově onkologickém ústavu.

Student/ka v této práci:
  1. Nastuduje dosud známe poznatky o vlivu mikrobiomu na vývoj kolorektálního karcinomu, molekulární podtypy a nádorové mikrobiomové podtypy KRK.
  2. Nastuduje metody zpracování RNAseq dat.
  3. Asociuje genové moduly dle Budinská et al. 2013 s TMS.
  4. Identifikuje významné genové sady s TMS.
  5. Interpretuje získané výsledky s ohledem na dostupné publikované výsledky.



Doporučená literatura:
  • Budinska E, Popovici V, Tejpar S, D'Ario G, Lapique N, Sikora KO, Di Narzo AF, Yan P, Hodgson JG, Weinrich S, Bosman F, Roth A, Delorenzi M. Gene expression patterns unveil a new level of molecular heterogeneity in colorectal cancer. J Pathol. 2013 Sep;231(1):63-76. doi: 10.1002/path.4212. Epub 2013 Jul 8. PMID: 23836465; PMCID: PMC3840702.
  • Guinney, J., Dienstmann, R., Wang, X. et al. The consensus molecular subtypes of colorectal cancer. Nat Med 21, 1350–1356 (2015). https://doi.org/10.1038/nm.3967
  • Zwinsová B, Brychtová V, Hrivňáková M, Zdražilová-Dubská L, Bencsiková B, Šefr R, Nenutil R, Vídeňská P, Budinská E. Role of the Microbiome in the Formation and Development of Colorectal Cancer. Klin Onkol. 2019 Summer;32(4):261-269. English. doi: 10.14735/amko2019261. PMID: 31426641.
  • ZWINSOVÁ, B., Petrov, V. A., HRIVŇÁKOVÁ, M., SMATANA, S., MICENKOVÁ, L., KAZDOVÁ, N., POPOVICI, V., HRSTKA, R., ŠEFR, R., BENCSIKOVÁ, B., ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ, L., BRYCHTOVÁ, V., NENUTIL, R., VÍDEŇSKÁ, P. a BUDINSKÁ, E. 2021: Colorectal Tumour Mucosa Microbiome Is Enriched in Oral Pathogens and Defines Three Subtypes That Correlate with Markers of Tumour Progression. Cancers 13(19):4799.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
15. 5. 2023 11:36, Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D., učo 356955
Plný text práce
13,5 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
21. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D., učo 356955
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

Mgr. Petra Brenerová, Ph.D., učo 151178
STK FN USA LF MU

Konzultanti

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU
Mgr. Martina Čarnogurská, Ph.D.
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.