Bakalářská práce

Asociace složení mikrobiomu s molekulárními procesy nádoru kolorekta

Association of microbial composition with colorectal carcinoma molecular processes

Hana Ruláková
Anotace

Kolorektální karcinom (KRK) je maligní nádorové onemocnění, které se již dlouhodobě řadí mezi onemocnění s velmi vysokou incidencí jak v České republice, tak i celosvětově. Jedná se o nemoc velmi vážnou a vysoce heterogenní, což významně komplikuje její diagnostiku i léčbu. Pod pojmem střevní mikrobiom si představíme souhrn všech mikroorganismů osidlujících střevo daného jedince. Mezi tyto organismy …více

Abstract

Colorectal cancer (CRC) is a malignant tumour disease that has long been classified as a disease with a very high incidence in the Czech Republic and worldwide. It is a very serious and highly heterogeneous disease, which significantly complicates its diagnosis and treatment. The term intestinal microbiome is used to present a summary of all microorganisms inhabiting the intestine of the individual …více

Klíčová slova
Kolorektální karcinom Střevní mikrobiom Software R Regresní analýzy Kompoziční data Colorectal cancer Gut microbiome R Software Regression analysis Compositional data
Zadání práce
Dlouhodobá dysbióza střevní mikroflóry ovlivňuje vznik a vývoj řady onemocnění včetně kolorektálního karcinomu. Podle nejnovějších studií ovlivňuje střevní mikrobiom i agresivitu nebo úspěšnost léčby kolorektálního karcinomu.
Cílem této práce je asociovat složení mikrobiomu ze stěrů nádorů kolorekta (z 16S rRNA sekvenování) s genovou expresí (RNAseq data) těchto nádorů a zjistit, jak metabolizmus ovlivňuje fungování nádoru na molekulární úrovni.
Student(ka) bude mít k dispozici data pacientů léčených na Masarykově onkologickém ústavu.

Student/ka v této práci:
  1. Nastuduje dosud známe poznatky o metabolismu střevního mikrobiomu a jeho vlivu kolorektální karcinom
  2. Nastuduje metody zpracování 16S rRNA dat a RNAseq dat a analýzu genových drah
  3. Provede asociaci složení mikrobiomu z nádorových stěrů s genovou expresí nádoru
  4. Provede analýzu genových drah a interpretuje získané výsledky




Doporučená literatura
  • Zwinsová B, Brychtová V, Hrivňáková M, Zdražilová-Dubská L, Bencsiková B, Šefr R, Nenutil R, Vídeňská P, Budinská E. Role of the Microbiome in the Formation and Development of Colorectal Cancer. Klin Onkol. 2019 Summer;32(4):261-269. English. doi: 10.14735/amko2019261. PMID: 31426641.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
25. 5. 2022 11:04, doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Plný text práce
1,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
30. 8. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

RNDr. Kateřina Nováková, Ph.D.
Masarykův onkologický ústav, Banka biologického materiálu
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.