Bakalářská práce

Rozšírenie biochemického priestoru o úroveň genómu

Genome-wide extension of formal biochemical space

Katarína Palubová
Anotace

Táto bakalárska práca obsahuje dátový model databázy ecyano a skript, ktorý automatizovane vkladá génovú zložku do tejto databázy. Prácu sme vypracovali v rámci laboratória Sybila na Fakulte informatiky Masarykovej Univerzity. V prvej kapitole sa zaoberáme východiskami našej práce, popisujeme aktuálny stav platformy e-cyanobacterium.org a tiež nástroje, ktoré sme počas vypracovávania tejto bakalárskej …více

Abstract

This bachelor thesis contains a data model of the database ecyano and a script that automatically inserts the set of genes into this database. We have created this bachelor thesis with collaboration of Sybila Lab at Faculty of Informatics Masaryk University. The first chapter deals with the starting points of our work, we describe the current status of platform e-cyanobacterium.org and also the tools …více

Klíčová slova
e-cyanobacterium.org dátový model gén genóm sinica databáza ecyano biochemický priestor data model genome cyanobacteria database ecyano biochemical space
Zadání práce

Práca se zaoberá rozšírením dátovej časti portálu e-cyanobacterium.org určeného pre modelovanie a analýzu biochemických procesov. V súčastnej funkčnej verzii portálu nie je reflektovaná informácia o génoch jednotlivých biologických entít. Popis biochemickej časti matematických modelov je realizovaný prostredníctvom tzv. biochemického priestoru.

Cieľom tejto práce je revidovať dátový model biochemického priestoru, rozšíriť ju o dátovú zložku génov a zodpovedajúcim spôsobom rozšíriť existujúcu databázu.

Teoretická čast bude obsahovať rozbor aktuálneho stavu, stručnú rešerš existujúcich riešení a špecifikáciu dátového modulu pre popis génov. Praktická čast bude obsahovať návrh nového objektového modelu biochemického priestoru, bude vytvorený dátový model pre nové informácie a náležite bude rozšírená existujúca databáza v MySQL.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
25. 5. 2018 19:41, RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129
Plný text práce
1022,3 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
26. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129
KTP FI MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Konzultant

RNDr. Matej Hajnal, učo 374185
KSUZD FI MU

Literatura

  • KLEMENT, Matej; Tadeáš DĚD; David ŠAFRÁNEK; Jan ČERVENÝ; Stefan MUELLER a Ralf STEUER. Biochemical Space: A Framework for Systemic Annotation of Biological Models. Online. In Proceedings of the 5th International Workshop on Interactions between Computer Science and Biology (CS2Bio’14). Amsterdam: Elsevier, 2014, s. 31-44. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.entcs.2014.06.013.
  • TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Jakub HRABEC; Jakub ŠALAGOVIČ; Františka ROMANOVSKÁ a Jan ČERVENÝ. E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. In Ezio Bartocci et al. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. Heidelberg: Springer, 2016, s. 316-322. ISBN 978-3-319-45176-3. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_20.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.