Bachelor's thesis

SWATH-MS method and its application in proteomics analysis of breast cancer

Metoda SWATH-MS a její využití v proteomické analýze nádorů prsu

Petr Lapčík, UČO 409180
Abstract

Předložená bakalářská práce se zabývá hmotnostně spektrometrickou metodou SWATH, jež se používá v proteomickém výzkumu ke kvantifikaci až tisíců proteinů v jednom analyzovaném vzorku. Teoretická část práce popisuje princip metody SWATH od zpracování vzorku, separace peptidů pomocí kapalinové chromatografie, ionizace nanosprejem a samotné analýzy na hmotnostním spektrometru až po zpracování naměřených …more

Abstract

This thesis focuses on the mass spectrometric method called SWATH (sequential window acquisition of all theoretical fragment-ion spectra), that is used in proteomics research for quantification of thousands of proteins in one analyzed sample. Theoretical part of this thesis describes the principle of the SWATH method from processing the samples, peptide separation with liquid chromatography, nanospray …more

Keywords
SWATH biomarker hmotnostní spektrometrie Spectronaut PeakView proetomika karcinom prsu kvantifikace DIA mass spectrometry proteomics breast cancer quantification
Thesis description
Úkolem studenta bude seznámit se s principy nové proteomické techniky SWATH-MS (Gillet L et al, Mol Cell Proteomics 2012) a jejím využitím ve vyhledávání biomarkerů metastazování a v molekulární klasifickaci nádorů prsu. Student se seznámí se všemi praktickými aspekty tohoto typu analýzy. Samostatným úkolem pak bude srovnání tří nejvýznamnějších softwarových platforem k analýze tohoto typu dat z hlediska správnosti kvantifikace peptidů.
Administrative information
The thesis has been checked:
25/5/2015 08:24, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., UČO 8757
Full text of thesis
4,1 MB / file PDF
Language used
Czech Czech
Defence date
18/6/2015
The thesis was defended successfully

Supervisor

doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., UČO 8757
ÚBioch Chem PřF MU

Reader

Mgr. Iva Procházková, Ph.D., UČO 151105
Cite this text
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Biochemistry
Field of Study

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.