Gastrointestinální a urogenitální mikrobiota představuje složitý ekosystém, který vzájemně komunikuje a významně se podílí na zdraví a nemoci jedince. Dysbióza, tedy narušená rovnováha mikrobioty, může vést u žen ke gynekologickým onemocněním, k ovlivnění prekoncepční fáze, plodnosti, úspěšnosti těhotenství a předčasnému porodu. Vaginální dysbióza je charakterizována nejen nižší relativní abundancí laktobacilů a větší bakteriální diverzitou, což vede ke zvýšení pH a houbovým infekcím (např. Candida albicans). Cílem práce je zpracovat literární rešerši zaměřenou na asociaci mykobiomu, tedy souhrnné genetické informace hub osidlujících gastrointestinální a urogenitální trakt, s reprodukčním zdravím ženy. V praktické části bude zavedena metodika pro sekvenační analýzu mykobiomu s nově navrženým interním standardem a bude charakterizován mykobiom ve vzorcích z dutiny ústní, střeva a vagíny.

Student/ka v rozsahu udělených kreditů za DP za semestr má povinnost přítomnosti na pracovišti (např. 5 kr. za semestr = 5 hod/týden), dodržovat pravidla pracoviště, precizního vedení laboratorního deníku a účasti na seminářích výzkumné skupiny.

Plán práce:

1. semestr - nástup na stáž v RECETOX RI a zaučení v laboratoři (izolace NA, amplifikace NA). Odevzdání osnovy DP a zpracovaní rešerše, návrh MOCK komunity pro analýzu mykobiomu a design experimentu. Prezentace progresu na semináři výzkumné skupiny.

2. semestr - stáž v RECETOX RI, izolace NA z lidských vzorků, amplifikace NA, zavedení metodiky analýzy mykobiomu, zpracování teoretické části práce. Prezentace progresu na semináři výzkumné skupiny.

3. semestr - stáž v RECETOX RI, dokončení laboratorních analýz, zaučení v práci s nástroji pro statistické hodnocení dat, samostatná statistická analýza dat. Prezentace výsledků na semináři výzkumné skupiny a/nebo studentské konferenci.

4. semestr - stáž v RECETOX RI, sepsání výsledkové části práce a diskuze. Do konce března předložení DP vedoucí ke kontrole a zpětné vazbě. Prezentace DP na semináři výzkumné skupiny a/nebo studentské konferenci.