Bakalářská práce

Integrácia komponentov balíka MZmine do prostredia Galaxy

Integration of MZmine package components into Galaxy environment

Kristián Katanik
Anotace

Cieľom práce bolo vyňatie krokov nástroja ADAP z aplikácie MZmine 2 a následná integrácia týchto krokov do platformy Galaxy. Táto práca prebiehala v spolupráci s Centrom pre výskum toxických látok v prostredí (Recetox, MU). Práca obsahuje stručný úvod do problematiky analýzy dát z hmotnostnej spektrometrie, postupy pri riešení, implementáciu a integráciu jednotlivých krokov do prostredia Galaxy.

Abstract

The goal of this thesis was to extract steps of ADAP tool from MZmine 2 software and then integrate these steps into the Galaxy platform. This work was carried out in collaboration with the Research Centre for Toxic Compounds in the Environment (Recetox, MU). The work includes a brief introduction to the analysis of data from mass spectrometry, followed by procedures for the solution, implementation and integration of individual steps into the Galaxy environment.

Klíčová slova
MZmine 2 ADAP Galaxy hmotnostná spektrometria plynová chromatografia GC-MS
Zadání práce
Pro účely analýzy dat z hmotnostní spektrometrie (MS) je k dispozici několikero volně dostupných platforem, které umožňují uživateli (omezenou) volbu jednotlivých kroků analýzy dat a jejich propojení za pomoci grafického prostředí (GUI) i příkazové řádky (CLI). Tato práce se zabývá osamostatněním některých kroků z tzv. batch mode jedné z platforem (MZmine 2, http://mzmine.github.io/), kdy nelze volně nahrávat vstupní a výstupní data do/z různých software dle pracovního postupu (workflow) laboratoře. Cílem této práce je dohledání a vyjmutí požadovaných kroků analýzy v kódu a následné upravení této části kódu tak, aby fungoval jako samostatná jednotka připojitelná do jakéhokoliv workflow. Předpokládaným prostředím pro realizaci nových workflow je nástroj Galaxy (https://galaxyproject.org/). Primárním předpokládaným jazykem implementace je Java (implementační jazyk MZmine 2). Autor této práce by se měl zorientovat v kódu jedné z platforem pro analýzu MS dat (MZmine 2), definovat začátek a konec výpočetního algoritmu každého kroku, vyjmout jej, vytvořit vhodný wrapper včetně dodefinování vstupních a výstupních dat a na závěr otestovat funkčnost samostatných jednotek v prostředí Galaxy.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
24. 5. 2018 09:38, Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D., učo 211728
Plný text práce
789,4 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
27. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D., učo 211728
DITI ÚVT MU

Oponent

RNDr. Martin Kuba, Ph.D., učo 3988
DITI ÚVT MU

Konzultanti

Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
DITI ÚVT MU
Mgr. Karolína Trachtová
CERIT SC ÚVT MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.