Tradičně jsou paleoparazitologické vzorky vyšetřeny klasickými koproskopickými metodami, na které navazuje inspekce pomocí mikroskopu. Díky nízké záchytnosti parazitů v paleomateriálu se v posledních letech přistupuje k modernějším metodám založených na studiu DNA. Analýza DNA se provádí amplifikací nukleových kyselin pomocí PCR reakce, na kterou tradičně navazuje Sangerovo sekvenování. Jeho nevýhodou je možnost čtení pouze jedné sekvence, proto se diagnostika zaměřuje na jediného parazita, avšak paraziti tvoří celá společenstva. Sangerovo sekvenování bylo postupně nahrazeno metodami nové generace, které umožnují zpracování velkého množství dat čili popis celých komunit. Navrhovaná práce se zaměří na přípravu parazitárních DNA vzorků, knihovny pro velkokapacitní sekvenování a následné bioinformatické zpracování. Cílem práce bude použít zoptimalizovanou metodiku pro detekci komunit helmintů u populace Slovanů z pohřebiště na Vídeňské ulici v Brně a porovnat ji s nálezy z lokalit pocházejících ze stejného období (11. století), ale nápadně se lišících velikostí populace a frekvencí pohybu obyvatel. Lokalita na dnešní Vídeňské ulici byla křižovatkou cest mezi Prahou a Vídní a můžeme o ní uvažovat jako o raně městské populaci, zatímco ostatní lokality (např. naleziště u Olšan) mají vesnický charakter bez pohybu obyvatel. Studie napomůže k rozšíření a posunu diagnostických metod v oblasti paleoparazitologického výzkumu, a rovněž přispěje k porozumění parazitárních infekcí u raně městských a vesnických populací slovanských obyvatel mladší doby hradištní.
Zadání práce
1. Optimalizace metodiky zpracování paleoparazitologických vzorků pomocí vysokokapacitního sekvenování a bioinformatických a statistických analýz
2. Realizace vlastní studie, vyšetření vzorků ze získaných lokalit, srovnání nálezů
3. Interpretace a diskuse výsledků
4. Sazba diplomové práce, odevzdání práce v IS MU

K získání zápočtu za první semestr (předmět Bi7771 Diplomová práce I) je třeba splnit výše uvedený bod 1, k získání zápočtu za druhý semestr (předmět Bi8772 Diplomová práce II) je třeba splnit i výše uvedený bod 2, k získání zápočtu za třetí semestr (předmět Bi9200 Diplomová práce III) je třeba splnit i výše uvedený bod 3 a k získání zápočtu za čtvrtý semestr (předmět Bi9773 Diplomová práce IV) je třeba splnit i výše uvedený bod 4, a tedy dokončit práci a odevzdat ji k obhajobě do Archívu prací v IS. Doporučený rozsah práce je 50–100 stran, může však být větší, pokud to zpracování zadaného tématu vyžaduje, nikoliv však menší. Práce bude obsahovat explicitní popis použitého materiálu a metod, a to i v případě práce přehledové/rešeršní, v metodickém postupu bude jasně vyjádřený přínos autora k získaným výsledkům. Citačním stylem bude česká verze stylu ISO 690. Součástí práce budou vhodné sumarizace a vyobrazení v podobě tabulek a grafů. Práce bude odevzdána v elektronické formě ve formátu PDF do IS a v tištěné formě v knižní vazbě v počtu 1 kopie pro účely obhajoby a archivace. Práce bude po stránce formální i obsahové v souladu s aktuálně platnou legislativou MU, platným Opatřením děkana k závěrečným pracím a s interními předpisy Ústavu antropologie.